Incidence des bactériophages infectant les bactéries lactiques (Leuconostocaceae) associées à la fabrication de pain au levain, de vin et de fromage et analyse bénéfices-risques de la lysogénie pour un meilleur contrôle des fermentations – LYSOPLUS

Une grande partie des aliments consommés sont fermentés, comme les produits de panification, les fromages ou encore le vin, et ils représentent des produits alimentaires emblématiques en France. Leur fabrication fait appel à des procédés de fermentations, assurées par des micro-organismes indigènes, naturellement présents au sein de microflores complexes. La préservation in situ de la diversité microbienne tout au long de la chaîne de production permet de maintenir une biodiversité microbienne qui garantit la richesse et la diversité sensorielles des produits. Un enjeu important pour les industriels est de mettre en place des mesures pour parvenir à la maîtrise des fermentations, en s’appuyant sur des données scientifiques concernant l’incidence des facteurs amont (collecte de matière première, itinéraires technologiques) sur les équilibres microbiens, et la compréhension des dynamiques microbiennes en cours de production et/ou de maturation des produits. Le projet LYSOPLUS répond aux besoins des filières vinicoles, panification et laitières de mieux maîtriser leurs fermentations en évaluant la présence et la dynamique des antagonistes naturels des bactéries que sont les bactériophages dans les fermentations spontanées. La connaissance des facteurs de domestication des souches sauvages est une priorité de recherche pour de nombreux microbiologistes alimentaires. Les inventaires basés sur des approches culturales et moléculaires soulignent le rôle particulier des bactéries lactiques dans la fabrication du vin, des pains et du fromage, et une famille (Leuconostocaceae) revêt un intérêt technologique particulier: elle abrite des espèces appartenant aux genres Oenococcus, Leuconostoc et Weissella. Dans certaines productions, la biopréservation peut être obtenue par ensemencement d’une quantité nécessaire de levains sélectionnés assurant la consistance, la sécurité et la qualité du produit final. Cette alternative réduit les altérations et les risques sanitaires, et offre une organisation plus simple du travail. Les professionnels lui reconnaissent des avantages économiques, environnementaux et humains, et elle s’inscrit donc naturellement dans la démarche développement durable des trois filières. L’enjeu du programme est d’accumuler des données scientifiques sur les virus infectant ces bactéries d’intérêt afin de préciser si la présence de l’acteur bactériophage interfère avec les efforts de maîtrise de la qualité des produits, au stade de la récolte et de la transformation des produits. Le projet apportera une expertise technique et scientifique sur les bactériophages, leur diversité, et la nature de leurs interactions avec les hôtes bactériens. Il délivrera des outils moléculaires originaux permettant la détection et le suivi des virus, qui soient applicables aux différentes étapes de transformation. LYSOPLUS précisera également le niveau d’intégration du facteur « bactériophage » lors de sélection, de la production et la mise en œuvre de nouveaux levains au sein des filières considérées. Une étude bénéfice-risque sera menée afin de renseigner les acteurs dans leur démarche industrielle de sélection, sur la position à adopter vis-à-vis des bactéries lysogènes, et sur la possible nécessité de sélectionner des souches naturellement résistantes aux virus. LYSOPLUS associe des partenaires académiques ayant des contacts historiques et privilégiés avec les acteurs majeurs des filières, ainsi qu’une entreprise leader sur le marché des levains. La communication scientifique et la valorisation technique des résultats du projet seront structurées par le comité de pilotage. Le projet offre différentes opportunités aux acteurs des filières agro-alimentaires concernées, à savoir de renforcer leur compétitivité dans le contexte de maîtrise des fermentations et de développement de nouveaux levains. Le projet contribuera à la mise sur le marché de produits de qualité constante, et aux performances sensorielles diversifiées, répondant ainsi aux nouvelles atten