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  • WEB90 Patrimoine, Mémoires et Histoire du Web dans les années 1990

    WEB90 - Patrimoine, Mémoires et Histoire du Web dans les années 1990
    Comment cartographier le Web des années 1990 ? Sur quels acteurs l’adoption et la généralisation de l’Internet et du Web se sont-elles appuyées ? Comment est né le marché de l’accès et de la consultation au travers des fournisseurs de services ou de l’attribution des noms de domaine ? Que représente côté utilisateur la navigation dans la Toile durant la décennie 1990 ? Autant de questions auxquelles le projet Web90 apportera des réponses, en croisant Patrimoine, Mémoires et Histoire du Web.

    Plusieurs enjeux sur le plan théorique, méthodologique, épistémologique et patrimonial
    Les enjeux scientifiques de ce projet sont à la fois d'ordre théorique et méthodologique. Il s'agit notamment de :

    - Dépasser une histoire technique internaliste ou au contraire focalisée sur les contenus pour tendre vers une histoire à la fois sociale, économique, politique et technique de la Toile.

    - Mesurer le caractère disruptif de la technologie sur le plan économique, sur celui des imaginaires, valeurs et usages de la communication

    - Restituer une expérience collective et des expériences individuelles de découverte et d’usages du numérique en contexte, en croisant des sources de nature variée (presse généraliste et spécialisée, archives audiovisuelles, archives du Web, entretiens oraux, etc.)

    - Exploiter des archives du Web à la fois pléthoriques et lacunaires, qui ne peuvent être abordées comme des sources statiques et figées et invitent à une réflexion épistémologique et méthodologique sur le patrimoine nativement numérique et les outils nécessaires à son exploitation. Les enjeux épistémologiques et méthodologiques que soulèvent ces fonds pléthoriques impliquent des approches qui peuvent s'appuyer sur les réflexions en cours au sein des humanités numériques, mais aussi inviter à l'exploration de la boîte noire de l'archivage du Web via des approches en STS ou en archéologie des médias (notamment autour des notions d'objet-frontière, de médiation, etc.). Un volet de recherche sur la fabrique et la gouvernance de l'archivage du Web ainsi que la patrimonialisation du numérique permet ainsi d'éclairer la manière dont les archives du Web sont constituées et les modalités, possibilités mais aussi limites de leur exploitation.



  • MULTIPLET Photo-transfer multi-électrons pour des réactions d'oxygénation en conditions douces

    Photo-transfer multi-electrons pour des reactions d’oxygénations dans des conditions douces
    Ce projet est centré sur la construction d'un système autonome permettant des réactions de transfert d'atomes d'oxygène (OATR) en couplant un assemblage sensibilisateur-catalyseur capable de photo-activer H2O et de générer des espèces métal-oxo hautement réactives (processus 2e- + 2H+) à une robuste oxydase multi-cuivre (laccase) agissant comme un accepteur d’électron/proton pour effectuer une réduction de l'O2 (processus 4e- + 4H+).

    Oxygen Atom Tarnsfer Reactions dans des conditions douces
    Avec MULTIPLET, nous développons des assemblages moléculaires ciblés consistant en des catalyseurs moléculaires à base de complexes de Mn ou de Fe et un chromophore photoactif. À cette fin, nous profitons d'une voie synthétique polyvalente basée sur la chimie click. En effectuant une reaction de transfer d'atome d'oxygène (OATR) de l'eau vers un substrat organique, nous prévoyons de récupérer deux électrons et deux protons par molécule d'eau. Des travaux récents ont montré la faisabilité de reactions OAT réalisées photo-chimiquement. L'unité photocatalytique pour l'oxydation sera alors attachée à une laccase modifiée. L'hybride résultant devrait alors coupler la réaction d'oxygénation du substrat à la réduction du dioxygène. Il convient de souligner ici que i) l'exécution d'une OATR photo-induite avec un accepteur d'électrons renouvelable, ii) l'exploitation d'une triade photo-inductible avec des réactions rédox équilibrées et iii) le ciblage de réactions photo-oxygénation avec un système moléculaire couplé à une enzyme qui réalise un processus réducteur sont des approches qui n'ont jamais été essayées auparavant. Ces approches devraient ouvrir de nouvelles voies pour effectuer des processus photocatalytiques multiélectroniques dans des conditions douces et, en même temps, minimiser la production de déchets .



  • IgH-AID-Access Implications physiopathologiques de l’accessibilité du locus IgH au remodelage chromatinien et à l’action d’AID.

    Implications physiopathologiques de l’accessibilité du locus IgH à AID
    Comprendre domme les lymphocytes B diversifient leur récepteur à l’antigène par hypermutation somatique (SHM) ou recombinaison de commutation de classe (CSR), d’une façon dépendante de la transcription des séquences cibles ainsi que de l’action d’AID (Activation Induced Cytidine Deaminase).

    Evaluation de l'accessibilité des gènes à l’action de l'enzyme AID
    Les lymphocytes B ont développé des moyens uniques d'altérer et/ou recombiner leur génome. Ils diversifient ainsi leur récepteur à l’antigène par hypermutation somatique (SHM) ou recombinaison de commutation de classe (CSR), d’une façon dépendante de la transcription des séquences cibles ainsi que de l’action d’AID (Activation Induced Cytidine Deaminase). Ces processus et la restriction de leur accès aux locus d'immunoglobulines (Ig) (IgH pour la CSR) sont cruciaux pour mettre en place des réponses immunitaires humorales efficaces tout en préservant l'organisme d’altérations incontrôlées de gènes autres que ceux des Ig. Cette spécificité relève tant d’un contrôle de l’activité d’AID que d’une régulation stringente de l’accessibilité des gènes d’Ig, impliquant notamment la région 3’ régulatrice (3’RR) du locus IgH. Malgré de grands progrès, les bases moléculaires de la fonction de la 3’RR, le contrôle du ciblage d’AID et les relations entre ces acteurs, restent largement incompris. Nous analyserons en parallèle la physiologie de la cellule B, l’état de la chromatine, l’activité transcriptionnelle du locus et le recrutement des enzymes modifiant l'ADN, en utilisant une collection de lignées murines dévolues à l’analyse mutationnelle de la 3'RR et de sa structure palindromique. Nous caractériserons aussi par des stratégies innovantes le rôle de la cohésine et de médiator, deux régulateurs essentiels de l’activité génique que nous avons identifiés en tant que partenaires d’AID potentiellement impliqués dans sa spécificité de ciblage. Nous explorerons finalement les implications des polymorphismes génétiques de la 3’RR en physiopathologie, notamment vis-à-vis des réponses humorales anti-infectieuses ainsi que dans les processus auto-immuns ou allergiques.



  • SexTil Développement de deux tests de sexage précoce des tilapias pour la production et les laboratoires de recherche

    Sexage précoce du tilapia
    Du fait de la complexité du déterminisme du sexe chez le tilapia, aucun sexage précoce n’est disponible chez cette espèce. Les producteurs ont donc besoin d’élever les descendances pendant trois mois avant d’identifier et d’éliminer celles comportant plus de 5% de femelles. En évitant l’élevage de ces lots peu rentables, un sexage précoce permettra d’économiser du temps et de l’argent, mais aussi de développer de nouvelles approches acceptables pour le consommateur et l’environnement.

    Développement de deux tests de sexage précoce des tilapias pour la production et les laboratoires de recherche
    Chez le tilapia (2nde production piscicole mondiale), les populations monosexes sont essentielles pour la rentabilité de la filière, compte tenu des reproductions continues et de la meilleure croissance des mâles (1,6 fois plus gros que les femelles à 7 mois d’âge) .Toute amélioration du contrôle du sexe se traduit donc par d’importantes retombées économiques. Dans un contexte d’intensification écologique, la recherche d’alternatives aux traitements hormonaux représente un enjeu pour l’aquaculture. Les alternatives acceptables pour le consommateur et l’environnement reposent sur des approches génétiques ou environnementales (thermiques) mais nécessitent des procédures longues (testages en descendances) pour sexer les descendances et identifier les génotypes d’intérêt. Par ailleurs, la sélection de mâles YY et femelles XX ou de géniteurs thermosensibles produisant au moins 95% de mâles constitue un préalable. Faute de sexage précoce, le pisciculteur élève tous les lots produits, sans connaître leur potentiel de croissance. Quelle que soit la méthode de contrôle du sexe chez le tilapia, un sexage précoce permettra d’améliorer fortement son efficacité et sa rentabilité. Le projet SexTil propose de valoriser nos recherches menées sur le gène-M pour construire 2 kits de sexage précoce du tilapia, l’un destiné aux laboratoires et l’autre aux producteurs. Permettant d’éliminer précocement les lots à faibles proportions de mâles, ces kits auront un impact économique et social majeur en réduisant les coûts d’alimentation et d’élevage, en optimisant l’utilisation de l’eau et des structures d’élevage, en sécurisant le travail des pisciculteurs, et la qualité et la durabilité de leurs produits comme de leurs entreprises et en facilitant la sélection de génotypes d’intérêt. Ils permettront également d’optimiser la recherche en laboratoires/stations, d’alternatives pour un contrôle du sexe sans hormone, respectueux du consommateur et de l’environnement.



  • SIFR Indexation sémantique de ressources biomédicales francophones

    Indexation Sémantique de Ressources biomédicales Francophones (www.lirmm.fr/sifr)
    Le volume de données en biomédecine ne cesse de croître. En dépit d'une large adoption de l'anglais en sciences, une quantité significative de ces données est en français. L'intégration de données biomédicales et l'interopérabilité sémantique sont indispensables pour permettre de nouvelles découvertes scientifiques qui pourraient émerger du rapprochement des différentes données disponibles. Les terminologies et les ontologies jouent ainsi un rôle central dans la résolution de ces questions.

    Défis scientifiques et techniques pour exploiter les ontologies dans la construction de services d'indexation, de fouille, et de recherche de données pour les ressources biomédicales françaises.
    La communauté s’est tournée vers les ontologies pour créer des index sémantiques, destinés à améliorer la recherche et la fouille de données grâce aux connaissances médicales que ces ontologies formalisent. Cependant, outre l'existence de nombreuses ressources en anglais, il y a beaucoup moins d'ontologies en français et il manque crucialement d'outils et de services pour les exploiter. Cette lacune contraste avec le montant considérable de données biomédicales produites en français, particulièrement dans le monde clinique (e.g., dossiers médicaux électroniques).

    Le projet ‘Semantic Indexing of French Biomedical Data Resources’ (SIFR) a pour objectif de résoudre les défis scientifiques et techniques soulevés pour exploiter les ontologies dans la construction de services d'indexation, de fouille, et de recherche de données pour les ressources biomédicales françaises. Notre objectif principal est de permettre à cette communauté de se libérer des questions d’ingénierie des connaissances et les laisser se concentrer sur les défis biologiques et médicaux.

    Le projet SIFR rassemble plusieurs jeunes chercheurs du LIRMM pour réaliser cet objectif. Clement Jonquet, maitre de conférences à l’Université de Montpellier depuis Sept. 2010, coordonnera le projet et capitalisera sur l’expérience dans le domaine acquise durant son postdoc de 3 ans à Stanford. Il est accompagné de 2 jeunes chercheurs (HDR) : Sandra Bringay et Mathieu Roche qui sont experts en fouille de texte/données biomédicales. Des partenaires de grande qualité sont également associés au projet : (i)°Stanford BMIR, un leader mondial en outils et services –anglais– basés sur les ontologies pour aider la construction de systèmes à base de connaissances biomédicales ; (ii)°l’UMR TETIS (AgroParisTech, Irstea, Cirad) spécialisée dans la gestion de l’information spatiale, environnementale et agronomique ; (iii)°l’Institut de Biologie Computationnelle de Montpellier (IBC).



  • SynthAx Synthèse énantiosélective de furanes et pyridines atropisomères par interconversion de chiralité centrale à axiale

    Combinaison de l’organocatalyse avec la conversion de la chiralité : Synthèse atroposélective d’hétérobiaryles
    Des nouveaux composés hétéroatropisomériques de type 4-aryl–furanes ou –pyridines énantiomériquement enrichis sont obtenus par organocatalyse énantiosélective permettant le contrôle de la chiralité centrée, suivie d’une étape d’aromatisation oxydante conduisant à la formation des atropisomères correspondants avec de hauts niveaux de conversion de la chiralité centrée à axiale.

    Atropisomeric 4-aryl–furanes ou –pyridines énantiomériquement enrichis
    Le projet SynthAx porte sur le contrôle de la chiralité d’édifices moléculaires atropisomériques complexes par conversion de chiralité centrée à axiale. Nos approches innovantes s’appuient sur l’organocatalyse énantiosélective pour le contrôle de la chiralité centrée couplée à une aromatisation oxydante qui génère la chiralité axiale. L’objectif est la construction atroposélective d’hétérobiaryles de type aryl–furanes et –pyridines optiquement actifs qui constituent un réel défi synthétique. En effet, contrairement aux atropisomères carbonés de type biaryle, les dérivés hétéoaromatiques correspondants ont été moins étudiés car bien plus difficiles à obtenir. Cela est le résultat d’une part du manque de méthodes synthétiques efficaces et suffisamment générales et d’autre part de barrières de rotation plus faibles en particulier dans le cas des atropisomères incorporant un cycle à cinq chaînons. La détermination des éléments structuraux nécessaires pour obtenir des atropisomères stables à température ambiante est basée sur une étude physico-chimique utilisant la HPLC chirale pour la mesure des barrières de rotation des produits.
    Les applications visées se situent dans le domaine de la synthèse totale énantiosélective de la (+)-streptonigrine, alcaloïde naturel qui possède un noyau 4-aryl pyridine et présente d’intéressantes activités antitumorales et antibiotiques et du développement de nouveaux organocatalyseurs par post-transformations sélectives.



  • ImmuPhy Mécanique et fonction des cellules du système immunitaire: une étude au niveau de la molécule individuelle

    Mécanique et fonction des cellules du système immunitaire: une étude au niveau de la molécule individuelle.
    Les lymphocytes B sont responsables de la production des anticorps. Lors qu'il rencontre un antigène présenté par une autre cellule ils l'arrachent et leur cytosquelette se réorganise et polarise vers la cellule présentatrice. Avec ce projet on souhaite étudier la mécanique de ce processus en combinant des expériences de fluorescence et de mesure de force.

    Rôle de la mécanique dans la polarité du lymphocyte B.
    Lorsque le lymphocyte B rencontre un antigène présenté par une autre cellule, son cytosquelette se réorganise pour lui permettre d'internaliser l'antigène. En particulier son centre d'organisation des microtubules (MTOC) se polarise vers la synapse. Avec ce projet nous souhaitons étudier la mécanique de ce processus en combinant des expériences de fluorescence et de mesure de force. Nous avons divisé le projet en 3 enjeux:
    1. mesure de la dynamique collective des molécules d'intérêts: cette partie utilise des marquages classiques et de la vidéo-microscopie de fluorescence pour établir les différentes phases de la polarisation des cellules B par rapport à l'organisation des molécules les plus
    impliquées dans la mécanique cellulaire: actine, MTOC, microtubules, Myosine II, molécules de signalisation.
    2. étude de la dynamique du moteur moléculaire Myosine II au niveau de molécule individuelle: le candidat le plus intéressant pour régler la mécanique du cytosquelette est la myosine II, nous souhaitons marquer ce moteur en utilisant un colorant lié à un anticorps.
    3. mesure de force: à l'aide d'une pince optique (un rayon laser focalisé qui permet d'attraper des objets d'une taille inferieure à sa longueur d'onde) nous souhaitons présenter l'antigène sur une bille et mesurer la réponse en force de la cellule, pendant que l'on image les
    différentes protéines. On pourra donc corréler la dynamique moléculaire avec la génération de force.
    Avec cette étude on pourra donc élaborer un modèle physique de la polarisation des cellules
    B. D'un autre coté, la possibilité d'imager des molécules individuelles dans la cellule ouvre plusieurs perspectives dans le domaine de la biologie cellulaire.



  • BRAINCHOICE Mécanismes cérébraux sous-tendant les décisions sociales: enregistrements intracrâniens chez des patients épileptiques et études par IRMf chez l'Homme sain

    Mécanismes cérébraux sous-tendant la prise de décision sociale
    Bien que la prise de décision dans un contexte social soit omniprésente et centrale dans nos sociétés, ses mécanismes cérébraux restent mal compris. Le projet BRAINCHOICE développe une compréhension des principes neurocomputationnels sous-jacents à nos décisions sociales, liant bases neurophysiologiques et modèles probabilistes de nos choix.

    Compréhension des bases neurobiologiques de la prise de décision sociale.
    Nos décisions sociales reposent non seulement sur la connaissance probabiliste des conséquences possibles de nos choix mais aussi sur nos inférences sur les croyances des intentions d’autrui. Ce projet BRAINCHOICE vise à une meilleure compréhension des bases neurobiologiques de la prise de décision sociale. Il développe un nouveau cadre théorique combinant modèles bayésiens et neuroimagerie multimodale utilisant les enregistrements intracrâniens (iEEG) chez des patients épileptiques et l'magerie par résonance magnétique fonctionnellle (IRMf) chez l’homme sain. L'objectif général est de caractériser les principes computationnels et les mécanismes neuronaux sous-jacents à la prise de décision sociale. Notre hypothèse principale est que lorsque nous sommes dans un contexte social interactif, notre cerveau effectue des inférences bayésiennes utilisant des représentations probabilistes des intentions d’autrui. Nous appliquons les approches mathématiques de l'inférence bayésienne pour modéliser la façon dont nous prédisons les intentions d’autrui et leurs caractères coopératif ou compétitif. A un niveau fondamental, les perspectives et les retombées du projet sont de fournir une compréhension à plusieurs niveaux d’observation, depuis l'architecture des réseaux cérébraux au niveau des populations neuronales et de caractériser la dynamique neuronale des structures cérébrales engagées dans les décisions sociales.



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