L'Agence nationale de la recherche Des projets pour la science

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Modalités de soumission 2014

Plan d’action et appel générique (informations au 13.07.2017)

Appel générique 2017 : premiers résultats (13/07/17)

@AgenceRecherche

21/07 15:49 - Des travaux soutenus dans le cadre du projet Charon https://t.co/NBi5WjPyKr https://t.co/neAaZ1kcaJ

21/07 15:45 - [AAP] Projets sélectionnés à la 4e édition de l'appel MRSEI https://t.co/B227Lf4m0B #reseaux #amorcage #H2020

19/07 11:41 - A vos agendas ! Et pour tout savoir sur le challenge ROSE https://t.co/SP2vkMMVAm #agriculture #robotique https://t.co/kEvhkfbanR

  • SphingoDR Sensibilisation de cellules cancéreuses résistantes aux ligands des récepteurs de mort par modulation des sphingolipides de la membrane plasmique.

    Sensibilisation de cellules tumorales par modulation des lipides membranaires
    L'objectif est de pouvoir (re)sensibiliser des cellules cancéreuses résistantes à des signaux de mort (transmis via des récepteurs) en modifiant la composition de certains lipides, les sphingolipides, présents dans la membrane plasmique de ces cellules.

    Modifier la composition en lipides des cellules tumorales pour induire leur mort
    Contexte: Les sphingolipides (SLs) sont des lipides ubiquitaires dérivés du céramide; ils modulent les fonctions membranaires, la croissance et la mort des cellules cancéreuses. Les ligands des récepteurs de mort (DRs) tels que CD95L et TRAIL jouent un rôle crucial dans la surveillance immunitaire anticancéreuse. L’activation des DRs induit une mort par apoptose qui s’accompagne d’altérations du métabolisme des SLs et conduit à une production de céramide. Or, de nombreuses cellules cancéreuses résistent à l’apoptose induite par les ligands des DRs. Notre projet vise à (i) comprendre les mécanismes de résistance des cellules tumorales aux ligands de DRs et (ii) évaluer la possibilité de (re)sensibiliser des cellules cancéreuses en inhibant la conversion du céramide en SLs complexes, sphingomyéline et glucosylcéramide. Des travaux collaboratifs entre les 4 partenaires indiquent que les enzymes qui synthétisent ces lipides (SMS 1 et 2, GCS) et leurs produits métaboliques peuvent réguler la signalisation des DRs, par exemple l’apoptose en réponse à CD95L et la distribution du récepteur CD95 dans les cellules résistantes. Hypothèse de travail: La composition relative en SLs de la membrane plasmique peut moduler (i) ses propriétés biophysiques et biochimiques, (ii) la distribution des DRs dans les radeaux lipidiques, (iii) la formation du DISC et (iv) la réponse apoptotique aux ligands de DRs. Notre étude portera sur des cellules cancéreuses d’origine histologique variée et évaluera le rôle de diverses enzymes du métabolisme des SLs dans la répartition des DRs à la membrane et la transmission de leur signal de mort. Retombées: Pouvoir déterminer le rôle des SLs dans la régulation de la mort de cellules cancéreuses et de la progression tumorale est essentiel pour identifier de nouvelles cibles pharmacologiques pour le traitement de certains cancers.



  • PKS-PPIs Les polykétide synthases (PKS) de type ‘trans AT’ : Etude des modes d’interactions entre les ‘acyl carrier’ protéines et leur différents partenaires enzymatiques (en cis/trans)

    Etude des interactions entre les « ouvriers » des chaînes d’assemblage moléculaires
    Des chaines d’assemblage protéique, appelées « polykétides synthases » ou PKS, sont responsables chez les bactéries de la synthèse de nombreuses molécules (« polykétides ») d’intérêt thérapeutique. Notre objectif est de comprendre de manière détaillée le fonctionnement de ces ‘usines moléculaires’ en nous concentrant sur la façon dont les « ouvriers » protéiques interagissent les uns avec les autres.

    Décryptage du fonctionnement des PKS pour faciliter leur modification par ingénierie génétique
    Une approche pour produire de nouvelles structures des polykétides est de modifier les enzymes complexes responsables de leur synthèse, les polykétides synthases. Cependant, pour être capables de modifier efficacement ces protéines, il faut d’abord approfondir nos connaissances sur leur fonctionnement au niveau moléculaire. Par conséquent, notre objectif est de répondre à une question clé concernant la voie de synthèse – comment les différents catalyseurs (les « ouvriers » protéiques) arrivent à communiquer entre eux, au sein de la chaine de montage – pour pouvoir préserver ces contacts essentiels au fonctionnement dans les PKS modifiées. Notre stratégie est de recréer l’ensemble de ces interactions in-vitro, pour pouvoir les étudier par une gamme complète de techniques biophysiques, et principalement la résonance magnétique nucléaire. Ayant choisi deux systèmes modèles PKS qui synthétisent des antibiotiques actuellement commercialisés, nos résultats devraient nous permettre d’améliorer les propriétés antibiotiques de ces molécules dans le traitement d’infections bactériennes chez l’Homme et l’animal.



  • FeedbackISM Signatures dynamique et chimique des rétroactions protostellaires dans le milieu interstellaire formant des étoiles.

    Signatures dynamique et chimique des rétroactions protostellaires dans le milieu interstellaire.
    Ce projet a pour cadre l'astrophysique théorique. Nous proposons de confronter nos résultats théoriques aux observations afin d'aider à l'amélioration de notre compréhension du processus de formation des étoiles. Les résultats seront obtenus en utilisant des codes numériques intégrant des processus dynamiques, chimiques et de transfert radiatif.

    Objectifs
    Nous nous intéresserons à l’effondrement et à l’évolution de nuages moléculaires massifs (jusqu’à quelques milliers de masses solaires réparties sur plusieurs parsec), turbulents et magnétisés. C’est au sein de ces nuages moléculaires que se forment les étoiles. Nous utiliserons l’outil unique de magnéto-hydrodynamique radiative RAMSES et étudierons les interactions entre le milieu interstellaire et la formation des étoiles. Nos modèles intégrerons les rétroactions dynamique et thermique des protoétoiles sur l’évolution chimique des nuages moléculaires. En particuliers, nous étudierons les régions au sein desquelles le gaz est éjecté de l’environnement des protoétoiles sous la forme de jet et de vent. La structure multidimensionnelle des nuages sera ensuite utilisée pour modéliser l’évolution chimique grâce au code d’astrochimie ALCHEMIC, intégrant des centaines de molécules et glaces et des milliers de réactions. Les structures chimique et physique seront ensuite utilisées par le code de transfert radiatif RADMC-3D afin de produire des cartes synthétiques d’émission de poussière et d’émission dans les raies. Ces cartes formeront le socle d’une meilleure interprétation physique des observations, ces dernières étant promises à de considérables avancées dans les prochaines années avec la publication des données HERSCHEL et la mise en service du radio-interféromètre ALMA (Atacama Large Millimetre Array). Ce projet propose de relier étroitement théorie et observations et contribuera à une meilleure compréhension de la formation des étoiles.



  • EPIGENOME Formation, dynamics and epigenetic functions of 5-hydroxymethylcytosine residues in DNA.

    Étude des mécanismes moléculaires de la régulation épigénétique
    Etude du rôle des protéines TET et des enzymes impliquées dans la réparation de l’ADN sur la formation et la dynamique des marqueurs chimiques présents sur l'ADN tels que 5-méthylcytosines et 5-hydroxyméthylcytosines. Implications pour la reprogrammation épigénétique vers la pluripotence et les modifications épigénétiques dans le cancer.

    La compréhension des mécanismes de déméthylation active de l'ADN
    Ce projet vise à étudier la fonction des 5-hydroxyméthylcytosines (5hmC) dans les changements épigénétiques et l’instabilité génétique. Nos objectifs seront structurés en 4 tâches : i) Rôle des protéines TET2, du stress oxydatif et des enzymes impliquées dans la réparation de l’ADN sur la formation et la dynamique des 5-hmC dans l’ADN. Ainsi, cette étude pourra donner des idées sur la nature des mécanismes moléculaires intervenant dans la déméthylation active restant encore peu comprise ; ii) Identifier et caractériser les protéines humaines interagissant spécifiquement avec les 5-hmC. Cette étude permettra de cartographier les protéines interagissant avec les 5hmc et de définir les mécanismes de réparation de l’ADN impliqués ; iii) Etudier le rôle des protéines TET et des 5-hmC sur l’instabilité génétique et la réparation d’ADN. Cette étude pourra ainsi expliquer pourquoi les mutations tet2 sont trouvées dans de nombreuses hémopathies ; iv) Etudier le rôle des protéines TET sur l’expression génique dans les lignées cellulaires humaines en particulier les cellules ES humaine. Le contrôle épigénétique dans ces lignées est d’un intérêt crucial puisque récemment, la protéine AID intervenant dans la déamination des cytosines a été impliquée dans la reprogrammation vers la pluripotence via des processus de déméthylation.



  • BLLAST_A Analyse de la transition de fin d’après-midi de la couche limite atmosphérique : structure verticale complexe

    BLLAST_A, Analyse de la transition de fin d'après-midi de la couche limite atmosphérique: structure verticale complexe
    En tant qu'interface entre la surface terrestre et l'atmosphère, la couche limite atmosphérique (CLA) est une composante cruciale du système terrestre. C'est dans cette couche de l'atmosphère que se produisent les échanges de chaleur, de quantité de mouvement, d'humidité et d'espèces en trace entre la surface et l'atmosphère libre. Le projet BLLAST_A s'intéresse à la période transitoire de fin d'après-midi de la CLA.

    Comprendre et représenter la dynamique de la transition de fin d'après-midi
    La transition en fin d'après midi depuis la couche limite mélangée convective vers une couche résiduelle surmontant la couche de surface stratifiée stable est encore mal comprise. Il n'y a pas de consensus sur les critères qui la définissent et les lois réduites usuellement utilisées ne sont plus valables. Pourtant, cette transition précédant la mise en place de la couche limite nocturne joue un rôle important sur le transport et la diffusion des composés en trace, l'établissement de jet nocturne, etc...

    Un groupe international de chercheurs a décidé de travailler sur ces questions, dans le but d'améliorer notre compréhension de ces processus turbulents de la fin d'après-midi et de mieux les représenter dans les modèles météorologiques. Sur une initiative française, BLLAST a émergé en 2009. BLLAST_A a pour but d’exploiter les observations collectées pendant la campagne de mesures qui a eu lieu en été 2011, et d’effectuer des simulations numériques, en se focalisant sur une question primordiale du projet BLLAST : la structure verticale complexe qui se met en place à ce moment du cycle diurne.

    BLLAST_A s'appuiera sur la synergie entre les observations et la simulation numérique des grands tourbillons pour:
    (1) comprendre la structure verticale moyenne et turbulente et son évolution
    (2) évaluer son impact sur les lois de normalisation et la représentation de la couche limite dans les modèles.

    Les questions suivantes seront adressées:
    (1) – Comment les profils verticaux de vent, température et humidité évoluent, tandis que le flux en surface décroît ?
    - Quelle est l'évolution correspondante de l'énergie cinétique turbulente et des échelles qui la caractérisent ?
    - Quels processus gouvernent ces évolutions ?

    (2) – Les modèles méso-échelle représentent-ils correctement cette transition et ses impacts ?
    - Comment les lois de normalisations évoluent-elles ?
    - Pouvons-nous proposer des lois couvrant le passage de la couche convective mélangée à la couche résiduelle ?



  • Aflafree Maîtrise du risque AFB1 pour une filière maïs durable

    Limitation de la production de l’Aflatoxine B1 (AFB1) chez Aspergillus flavus grâce à l’utilisation de bactéries filamenteuses. Application sur le maïs.
    La présence de mycotoxines dans les filières alimentaires est liée au développement de moisissures. Dans ce sens, la limitation de l’application d’antifongiques chimiques à l’horizon 2018 va poser un souci. Le projet propose de trouver un moyen de lutte biologique, à appliquer au champ contre la production d’AFB1 sur le maïs, qui repose sur l’utilisation de bactéries du sol.

    Recherche d’un moyen de lutte biologique contre la production d’Aflatoxine B1 sur le maïs
    L'AFB1, seule mycotoxine classée cancérogène pour l'homme, contamine les céréales et pose des problèmes pour l'industrie alimentaire. Il est donc crucial de minimiser cette contamination fongique. Le projet propose de trouver un moyen de lutte biologique, à appliquer au champ, qui repose sur l’utilisation de bactéries du sol en tant qu’alternative pour réduire les intrants chimiques. Ce moyen de lutte biologique se focalise sur la réduction de la production d'AFB1. Le meilleur couple bactérie-variété de maïs sera validé en serre. La formule choisie sera appliquée à différents stades physiologiques du maïs tout en s’assurant de la qualité sanitaire du produit fini. Il sera aussi nécessaire de prendre en compte les possibilités techniques disponibles sur le terrain pour traiter les cultures et plus tard les grains. Des capteurs enregistrant les variations de Température (T°C) et d’Activité de l’eau (Aw) lors du stockage du grain de maïs, seront modifiés pour être utilisés afin de suivre l'évolution de ces 2 paramètres environnementaux juste autour du plant de maïs en serre et plus tard sur le terrain.
    Les résultats de ce projet seront transmis aux agriculteurs et à la filière maïs sous forme de Bonnes Pratiques Agricoles, accompagnées de conseils d’utilisation lors de la conservation des grains et lors de la transformation des produits. Dans l'esprit du développement durable, tous les résultats de ce projet seront transférés aux différents acteurs de la filière maïs sous la forme d'outils décisionnels pour réduire les risques sanitaires et les intrants chimiques tout en leur montrant que le moyen de lutte est économiquement viable. La gouvernance sera établie par la création de cartes de contrôle, regroupant indicateurs et actions correctives. Tout cela aidera à éviter les situations de crise.



  • miR-Dep Implication des microARN dans la réponse aux antidépresseurs SRI

    Comprendre le mode d’action du Prozac pour améliorer les traitements de la dépression
    Les antidépresseurs de type « Serotonin Reuptake Inhibitor » (SRI), dont le chef de file est le Prozac, sont utilisés depuis les années 80 pour traiter la dépression. Les bases moléculaires de l’effet bénéfique des SRI ou de la résistance aux SRI demeurent énigmatiques. L’enjeu est d’identifier ces mécanismes pour améliorer les approches thérapeutiques de la dépression.

    Mécanismes cellulaires et moléculaires supportant l’action bénéfique du Prozac
    La dépression concerne plus de 350 millions d’individus dans le monde selon les données de l’OMS, ce qui fait de cette maladie un enjeu en matière de santé publique. L’état dépressif est associé à une diminution dans le cerveau de la quantité de sérotonine, qui régule entre autre l’humeur, l’anxiété ou l’appétit. Les antidépresseurs SRI (Prozac) agissent sur les neurones sérotoninergiques afin de palier au déficit en sérotonine. Nos travaux antérieurs avaient permis de montrer que le Prozac, en agissant sur les neurones sérotoninergiques du raphé, mobilise une autre région du cerveau, le locus coeruleus, qui contient des neurones capables de synthétiser un autre neuromédiateur, la noradrénaline. Les neurones noradrénergiques se mettent alors à synthétiser et à libérer de la sérotonine, créant une nouvelle source de sérotonine dans le cerveau, ce qui sous-tend l’effet bénéfique du Prozac. Ce déverrouillage de fonction sérotoninergique dans les neurones noradrénergiques est permis grâce à la chute du niveau d’expression d’un petit ARN, le microARN mir-16. En réponse au Prozac, les neurones sérotoninergiques émettent une molécule-signal, le facteur S100ß, qui agit sur les neurones noradrénergiques et induit la diminution de mir-16 et la synthèse de sérotonine.
    L’objectif du projet miR-Dep est de cerner les mécanismes par lesquels les antidépresseurs (SRI) agissent sur les neurones sérotoninergiques ainsi que sur les neurones noradrénergiques via S100ß. Face à la résistance de certains patients à un traitement aux antidépresseurs SRI, identifier les acteurs (microARN, molécules-signal, récepteurs, enzymes…) impliqués dans la réponse Prozac pourrait permettre d’améliorer les stratégies thérapeutiques pour lutter contre la dépression.



  • ARCHITECT Approche des mécanismes de la transduction du signal à travers l'étude des changements de conformation des récepteurs

    Compréhension du fonctionnement des récepteurs hormonaux dans le but développer des médicaments plus efficaces et sans effets secondaires
    Il est important de comprendre les bases structurales de la fonction des récepteurs membranaires et de relier leurs changements conformationnels à une réponse cellulaire adaptée. En particulier, pour développer des médicaments plus efficaces et sans effet secondaire, il est primordial de déterminer comment leurs ligands (hormones et neurotransmetteurs) les activent ou les inhibent et quels sont les signaux cellulaires engagés.

    Suivi des changements de conformation des récepteurs membranaires au cours de leur interaction avec leurs activateurs/inhibiteurs
    Les récepteurs couplés aux protéines G (RCPG) constituent la plus grande famille de protéines membranaires, participent à la régulation de la majorité des fonctions physiologiques et représentent une cible thérapeutique de premier ordre. Comprendre leur fonctionnement à un niveau moléculaire au cours de leur liaison avec leurs ligands (hormones et neurotransmetteurs) est primordial dans le but de développer de façon rationnelle de nouveaux médicaments plus efficaces et sans effets secondaires. De plus leurs interactions avec d’autres protéines cellulaires influencent leur pharmacologie et leurs propriétés fonctionnelles. Cette plasticité fonctionnelle peut être attribuée à leur flexibilité structurale et à l’habilité de leurs ligands à induire des états conformationnels spécifiques.
    Nous étudions la dynamique et les changements de conformation des récepteurs de la vasopressine et de l’ocytocine, représentatifs des RCPG, sous l’effet de différentes classes de ligands pharmacologiques (activateurs, inhibiteurs, ligands biaisés (caractérisés par une sélectivité fonctionnelle) en utilisant des approches de fluorescence. Nous voulons également comprendre l’organisation structurale de ces récepteurs lorsqu’ils sont associés sous forme de dimères ou lorsqu’ils interagissent avec leurs partenaires cellulaires, en particulier protéines G et arrestines. Enfin, nous tentons d’établir des corrélations entre l’état conformationnel d’un récepteur induit par un ligand sélectif et l’activation d’une réponse biologique spécifique.



  • MEDEA Cartographier les débats environnementaux sur l'adaptation

    La cartographie des controverses sur l’adaptation au changement climatique en France
    L’adaptation au changement climatique global et à ses impacts régionaux suscite divers débats à l’interface entre sciences et politiques. Le projet MEDEA propose d’en développer une « cartographie » dans le but d’éclairer les points de vue des acteurs publics et privés concernés, et ainsi favoriser l’émergence d’approches collectives de l’adaptation.

    Fournir aux acteurs concernés un outil pour comprendre les enjeux de l’adaptation
    Touchant à un grand nombre de secteurs, le défi de l’adaptation au changement climatique pose un ensemble de questions disparates qui suscitent des débats à l’interface entre sciences et politiques. Dans ce contexte, la question se pose de savoir quelles connaissances et informations sont nécessaires à la définition des meilleures stratégies d’adaptation. Par ailleurs, la mise en œuvre de l’adaptation implique un consensus autour du concept d’adaptation lui-même et par de nombreux acteurs dont les perceptions et les attentes sont nécessairement diverses. Dès lors, les solutions ne peuvent émerger que d’un profond travail de confrontation des points de vue et de recherche de compromis entre acteurs. MEDEA a pour objet la cartographie des débats sur l’adaptation, avec pour objectif de contribuer à faciliter une meilleure compréhension, par les acteurs politiques et privés, mais aussi par l’ensemble la société civile, des controverses liées à cet enjeu. Dans cette perspective, MEDEA rassemble des climatologues, des chercheurs en sciences sociales et politiques, et des experts en media design avec quatre objectifs principaux : 1/ recueillir un vaste corpus de discours scientifiques et média sur les débats autour de l’adaptation (en particulier en France, mais pas seulement) ; 2/ analyser ces corpus à l’aide des méthodes et outils conceptuels et numériques de la sociologie des sciences et de techniques ou « STS »; 3/ développer une plate-forme on-line interactive visant à présenter de manière originale ces débats complexes ; et 4/ diffuser cette plate-forme auprès des parties prenantes du débat. Ainsi, le projet entend explorer les potentialités d’équiper les acteurs concernés d'outils de cartographie de débats technoscientifiques dans le but de contribuer à la mise en ouvre de l’adaptation.



  • TaMaDi Dilemme du Fabricant de Tables

    TaMaDi: Le Dilemme du Fabricant de Tables
    Résoudre le Dilemme du Fabricant de Tables pour obtenir des fonctions plus précises.

    Objectifs généraux du projet
    En arithmétique virgule flottante (VF), avoir des opérations complètement spécifiées est une exigence-clé, si on veut développer du logiciel portable au comportement prévisible. Depuis 1985, les quatre opérations arithmétiques sont spécifiées (elles doivent être correctement arrondies: le système doit renvoyer le nombre VF le plus proche du résultat exact). Ce n'est pas tout-à-fait le cas pour les fonctions mathématiques de base : la même fonction pourra renvoyer des résultats significativement différents suivant l'environnement, avec 2 conséquences pour les logiciels utilisant ces fonctions:
    • il est presque impossible d'estimer leur précision,
    • leur portabilité est délicate à garantir.
    Ce manque de spécification est dû à un problème appelé le Dilemme du fabricant de tables. Pour calculer f(x) dans un format donné, on calcule une approximation de f(x) dans un plus grand format, qu'on arrondit au nombre VF le plus proche. Le problème est: quelle doit être la précision de l'approximation pour que le résultat obtenu soit toujours égal à f(x) arrondi au plus proche nombre VF? Pour résoudre ce problème, on doit déterminer, pour chaque format et fonction considérés quel est le point le plus dur à arrondir (HR-point), i.e., le nombre VF tel que f(x) est le plus proche du milieu de 2 nombres VF consécutifs. La manière naïve de résoudre ce problème (recherche exhaustive) est impraticable. Ce projet visait à fournir:
    • pour les formats et fonctions les plus courants, des tables de HR-points, avec des preuves de leur correction,
    • du code open-source permettant de trouver les HR-points pour d'autres formats et fonctions.

    Obtenir ces points permet de construire des bibliothèques de fonctions très efficaces, permettant une spécification complète des fonctions usuelles en arithmétique VF, avec des conséquences à terme sur la portabilité et la qualité des logiciels numériques.



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