Structure génétique et déséquilibre de liaison chez 3 espèces du genre Vitis – DLVitis

Dans l'objectif de réponse aux nouveaux défis de la viticulture, les objectifs de la sélection vigne sont de créer de nouvelles variétés accumulant une résistance durable aux pathogènes et une adaptation aux nouvelles conditions climatiques, tout en maintenant une qualité optimale de la vendange. Ces différents caractères doivent être accumulés à partir de différentes sources : différentes espèces de Vitis pour la résistance et l'adaptation à l'environnement et Vitis vinifera pour la qualité. Pour faciliter de tels transferts, il est primordial de connaître les bases génétiques de ces caractères. Cependant, les connaissances des bases génétiques de ces caractères complexes sont extrêmement réduites chez la vigne comparé à d'autres cultures, principalement parce que les études QTLs sont très longue et très lourdes chez les plantes pérennes ligneuses. Afin de permettre d'accélérer et de simplifier la recherche de QTLs et de faire un inventaire plus complet des facteurs génétiques contrôlant des caractères d'intérêt, nous proposons d'avoir recours à la méthode de génétique d'association appliquée à l'ensemble du génome (ou "genome-scan"). En effet cette méthode permet de prendre avantage de la large variabilité des ressources génétiques disponibles et de bénéficier du nombre important de recombinaisons accumulées dans un tel matériel. Des données sur l'étendue du déséquilibre de liaison chez la vigne et de la structure des populations étudiées sont primordiales pour la réalisation de telles études chez des espèces aussi différentes que Vitis vinifera, V. riparia, V. cinere
a ou V. aestivalis. C'est l'objectif que nous nous sommes donnés pour le présent projet. Pour Vitis vinifera, espèce pour laquelle nous disposons déja de données sur la structure des populations, nous proposons d'estimer l'étendue du DL pour 4 populations présentant des histoires évolutives différentes, afin de comparer le DL en fonction des populations. Pour 2 autres espèces, V. riparia et V. cinerea, après une analyse de la structure de populations issues de prospections aux USA, nous envisageons de définir 2 échantillons les moins structurés possibles pour étudier l'étendue du DL après avoir vérifié la synténie avec V. vinifera. Enfin, nous proposons d'effectuer des tests locaux de la méthode génome-scan pour la résistance au mildiou chez les espèces (phénotypage effectué dans le cadre du projet) et de la taille de la baie pour Vitis vinifera.
Dans l'objectif de réponse aux nouveaux défis de la viticulture, les objectifs de la sélection vigne sont de créer de nouvelles variétés accumulant une résistance durable aux pathogènes et une adaptation aux nouvelles conditions climatiques, tout en maintenant une qualité optimale de la vendange. Ces différents caractères doivent être accumulés à partir de différentes sources : différentes espèces de Vitis pour la résistance et l'adaptation à l'environnement et Vitis vinifera pour la qualité. Pour faciliter de tels transferts, il est primordial de connaître les bases génétiques de ces caractères. Cependant, les connaissances des bases génétiques de ces caractères complexes sont extrêmement réduites chez la vigne comparé à d'autres cultures, principalement parce que les études QTLs sont très longue et très lourdes chez les plantes pérennes ligneuses. Afin de permettre d'accélérer et de simplifier la recherche de QTLs et de faire un inventaire plus complet des facteurs génétiques contrôlant des caractères d'intérêt, nous proposons d'avoir recours à la méthode de génétique d'association appliquée à l'ensemble du génome (ou "genome-scan"). En effet cette méthode permet de prendre avantage de la large variabilité des ressources génétiques disponibles et de bénéficier du nombre important de recombinaisons accumulées dans un tel matériel. Des données sur l'étendue du déséquilibre de liaison chez la vigne et de la structure des populations étudiées sont primordiales pour la réalisation de telles études chez des espèces aussi différentes que Vitis vinifera, V. riparia, V. cinere
a ou V. aestivalis. C'est l'objectif que nous nous sommes donnés pour le présent projet. Pour Vitis vinifera, espèce pour laquelle nous disposons déja de données sur la structure des populations, nous proposons d'estimer l'étendue du DL pour 4 populations présentant des histoires évolutives différentes, afin de comparer le DL en fonction des populations. Pour 2 autres espèces, V. riparia et V. cinerea, après une analyse de la structure de populations issues de prospections aux USA, nous envisageons de définir 2 échantillons les moins structurés possibles pour étudier l'étendue du DL après avoir vérifié la synténie avec V. vinifera. Enfin, nous proposons d'effectuer des tests locaux de la méthode génome-scan pour la résistance au mildiou chez les espèces (phénotypage effectué dans le cadre du projet) et de la taille de la baie pour Vitis vinifera.