Association mapping et phénotypage par modèle pour l'identification de marqueurs moléculaires liés à l'élaboration et à la limitation du rendement chez la canne à sucre. – DELICAS

Le projet DELICAS a pour objectif d’identifier des marqueurs moléculaires associés à des gènes impliqués dans l’élaboration du rendement et la résistance aux bioagresseurs chez la canne à sucre. La création de nouvelles variétés productives et résistantes aux bioagresseurs est un objectif prioritaire pour le maintien de la compétitivité de la filière sucrière à la Réunion. Les apports de la génomique à la création variétale restent actuellement limités, notamment en raison du faible nombre de marqueurs moléculaires utilisables en sélection qui ont pu être identifiés jusqu’à aujourd’hui. Les progrès réalisés dans la modélisation écophysiologique du fonctionnement de la canne à sucre et des céréales permettent aujourd’hui d’envisager d’utiliser la modélisation pour décomposer les processus d’élaboration du rendement, afin de faciliter l’identification de gènes d’intérêt. Parallèlement, des travaux récents ont montré que le déséquilibre de liaison présent chez la canne à sucre permettait d’utiliser la stratégie de l’association mapping pour marquer des gènes d’intérêts. Compte tenu des handicaps que constituent l’importance de la taille du génome de la canne à sucre et l’extinction du déséquilibre de liaison avec la distance génétique, cette stratégie nécessite cependant une couverture dense du génome par des marqueurs moléculaires. Pour atteindre l’objectif du projet, nous proposons : - une étude de la faisabilité et de l’intérêt du phénotypage par modèle écophysiologique, - un phénotypage d’une core collection (i) pour l’élaboration du rendement, par modèles écophysiologiques et (ii) pour la résistance à la maladie de la feuille jaune, - un génotypage dense de la core collection en combinant plusieurs technologies (DArT, AFLP, SSR), - la détection d'associations marqueurs - traits par association mapping, - la mise au point de marqueurs proches de QTL ou gènes connus, utilisables comme marqueurs diagnostic dans une population de cultivars - la mise en place de bases de données permettant l’accès aux données pour la communauté scientifique et les sélectionneurs. Les résultats attendus sont (i) une meilleure connaissance du déterminisme génétique et l’identification de régions du génome impliquées dans l’élaboration du rendement et la résistance à la maladie de la feuille jaune (ii) de nouvelles méthodologies et outils de phénotypage par modèle écophysiologique, (iii) la mise en place d’outils de gestion et d’exploitation des données.