Evaluation du risque que représente Chytridiomycosis pour la diversité européenne des amphibiens – RACE

Les amphibiens d’Europe sont menacés par une nouvelle maladie émergente, la chytridiomycose, due au champignon pathogène Batrachochytrium dendrobatidis (Bd). Cette maladie est reconnue comme cause directe du déclin et de l’extinction d’espèces sur les cinq continents. Bd infecte également des populations et des espèces en Europe et il est clair que dans certaines régions l’infection à Bd cause des déclins drastiques de populations et même d’espèces pouvant conduire à leur disparition. Cependant, l’étendue de l’impact de cette maladie sur la biodiversité des amphibiens est quasiment méconnue, malgré les informations claires montrant que ce pathogène est un « processus clé de menace » sur cette biodiversité et ses rôles associés au sein des écosystèmes. Face à ce manque de connaissance, RACE va mettre en œuvre un programme d’évaluation du risque que Bd fait encourir aux amphibiens européens, par l’identification des facteurs naturels et anthropogéniques impliqués dans l’émergence de la chytridiomycose. Afin de mieux comprendre le champ de la problématique, nous allons améliorer les compétences nationales et pan-européennes développant les équipements des laboratoires pour les diagnostics et le cadre d’un réseau de surveillance moderne, EpiCollect. A l’occasion de la collecte de terrain sur la prévalence, l’intensité et le timing des infections/mortalités, nous allons récoltés des lignées de Bd qui seront caractérisées par séquençage de gènes polymorphiques spécifiques. Cette information génétique spatialisée sera intégrée à la base globale des génotypes pour identifier le timing, et la fréquence des introductions de Bd en Europe, tout en estimant les virulences différentielles des lignées génotypiques. Ces données génétiques et spatiales seront utilisées pour paramétrer des modèles épidémiologiques afin d’identifier les causes directes de l’émergence de Bd et en particulier le rôle des espèces d’amphibiens introduites comme vecteur de propagation de la maladie. La « niche » écologique de Bd en Europe sera décrire et prédite à l’aide de modèles de changement climatologique afin d’en estimer les risques. Les données sur les risques spécifiques aux espèces seront acquises par des méthodes de phylogénie comparative, et des expériences de laboratoire sur la susceptibilité des espèces à Bd en fonction de conditions écologiques variables. L’ensemble de ces données permettra d’identifier les espèces, les aires et les écosystèmes à risque et la trajectoire de l’émergence de cette maladie en Europe. Les données et résultats obtenus par le programme RACE permettront de proposer un projet de suivi standardisé européen fournissant les informations aux l’échelles nationales et internationale via les sites internet et les collaborations établies à l’occasion des campagnes d’échantillonnage dans chacun des pays. Les programmes naissant de surveillance de Bd dans les pays peu ou pas échantillonnés seront encadrés par les principaux partenaires de RACE, et les collaborateurs utiliseront leur implication dans RACE pour obtenir des financements régionaux auprès d’organismes gouvernementaux et non gouvernementaux. Ainsi, nous développerons des actions pour comprendre où les efforts de conservation (dans la nature ou par des programmes de reproduction en captivité) sont nécessaires pour limiter les effets de Bd sur la biodiversité des amphibiens. La mise en œuvre et l’usage des retombées de RACE seront utilisés pour conseiller des pratiques à une échelle internationale en impliquant des partenaires d’autres initiatives et programmes européens tels qu’ ECOCHANGE, EBONE, GBIF et le programme « Biodiversité objectif 2010 » des Nations Unis. La dernière production de RACE sera un « Plan d’Abattement des Risques en Europe » avec deux objectifs principaux : prévenir les espèces et régions non infectées de le devenir et limiter l’impact du Chytrides dans les populations où il est déjà présent.