La résistance aux antibiotiques
Une étude récente menée dans 204 pays estime qu’au niveau mondial, la consommation d’antibiotiques en pédiatrie a augmenté de 46 % entre 2000 et 20181. L’incidence annuelle de la présence de germes résistants aux antibiotiques a été régulièrement illustrée tant par des études menées en Europe que dans des pays émergents1,2. L’Inde, la Thaïlande et l’Équateur figurent parmi les pays ayant un taux d’incidence de résistance particulièrement élevé, tandis que la Suède, le Canada et la Norvège présentent les taux les plus faibles3. Une étude multicentrique finlandaise révèle une forte augmentation des bactériémies nosocomiales dues à des bactéries productrices de bêta-lactamases à spectre élargi (Escherichia coli et Klebsiella pneumoniae)4. En Iran, en pédiatrie, plus de 80 % des Pseudomonas, des Acinetobacter et des Escherichia coli sont résistants à l’ampicilline et l’amoxicilline5. En Afrique du Sud, 46 % des patients hospitalisés avec des infections par Staphylococcus aureus, l’étaient par des germes résistants à la méticilline (MRSA)6. Ces derniers sont associés à une mortalité supérieure en comparaison aux infections dues à des germes sensibles à la méticilline7. Que ce soit en France8 ou dans les pays en développement9, la résistance aux antibiotiques est généralement associée à une augmentation de la mortalité.
En utilisant des modèles statistiques prédictifs, il a été estimé à environ 4,95 millions le nombre de décès dans le monde associés à la résistance aux antibiotiques en 2019, dont 1,27 million directement attribuables à des bactéries résistantes aux antibiotiques. Les six principaux agents pathogènes responsables des décès associés à la résistance sont Escherichia coli (résistant aux céphalosporines de 3e génération ; résistant aux fluoroquinolones), suivi de Staphylococcus aureus (résistant à la méticilline), Klebsiella pneumoniae (résistant aux carbapénèmes), Streptococcus pneumoniae, Acinetobacter baumannii (résistants aux carbapénèmes) et Pseudomonas aeruginosa. La région du Globe la plus affectée par la résistance aux antibiotiques est l’Afrique subsaharienne
occidentale10.
Pour lutter contre ce fléau, l’Organisation mondiale de la santé (OMS), l’Organisation des Nations unies pour l’alimentation et l’agriculture (FAO), l’Organisation mondiale de la santé animale (OIE/WOAH) et le programme des Nations unies pour l’environnement (PNUE/UNEP) ont uni leurs efforts. Parallèlement, la France a développé un plan stratégique contre la résistance aux antibiotiques. Que cela soit au niveau national, européen ou mondial, la recherche constitue une arme stratégique pour :
- améliorer la compréhension de la transmission et de l’impact de la résistance aux antibiotiques dans tous les secteurs ;
- renforcer des interventions efficaces contre la résistance aux antibiotiques, élaborer de nouvelles stratégies antibactériennes et développer de nouvelles molécules antibiotiques ;
- contribuer à la surveillance intégrée multisectorielle ;
- étudier les évolutions comportementales face à l’usage des antibiotiques ;
- approfondir l’influence environnementale sur la dissémination de la résistance aux antibiotiques.
Côté français, l’ANR a été un acteur de choix pour soutenir la recherche française sur la résistance aux antibiotiques en renforçant le financement des projets de recherche dans ce domaine, en favorisant l’alignement de la recherche française avec celle menée aux niveaux européen et mondial, et en stimulant les collaborations interdisciplinaires, internationales, ainsi que le transfert de connaissance.
Le présent cahier dresse un historique et un état des lieux de la recherche sur l’antibiorésistance. Outre la présentation des appels à projets ayant contribué au financement de la recherche française dans ce domaine de 2011 à 2021, il propose une analyse des publications issues des projets financés ainsi qu’une sélection de projets de recherche.
1 Browne AJ. et al., (2021) Global antibiotic consumption and usage in humans, 2000–18: a spatial modelling study. Lancet Planet Health; 5: e893-e904
2 Alicino C., et al., (2015) Trends in the annual incidence of carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae bloodstream infections: a 8-year retrospective study in a large teaching hospital in northern Italy, BMC Infect. Dis. 15: 415.
3 Klein EY. et al., (2019) Tracking global trends in the effectiveness of antibiotic therapy using the Drug Resistance Index, BMJ Glob. Health. 4: e001315.
4 Martelius T. et al., (2016) Nosocomial bloodstream infections caused by Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae resistant to third-generation cephalosporins, Finland, 1999-2013: Trends, patient characteristics and mortality, Infect. Dis. (Lond); 48: 229-34.
5 Rabirad N. et al., (2014) Antimicrobial susceptibility patterns of the gram-negative bacteria isolated from septicemia in Children’s Medical Center, Tehran, Iran, J. Prev. Med. Hyg. 55: 23-6.
6 Perovic O. et al., (2015) Prevalence and Trends of Staphylococcus aureus Bacteraemia in Hospitalized Patients in South Africa, 2010 to 2012: Laboratory-Based Surveillance Mapping of Antimicrobial Resistance and Molecular Epidemiology, PLOS One.10: e0145429.
7 Wang JT. et al., (2015) Comparison of Outcomes among Adult Patients with Nosocomial Bacteremia Caused by Methicillin-Susceptible and Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus: A Retrospective Cohort Study, PLOS One.10: e0144710.
8 Guillemot D. et al., (2005) Thirty-day mortality of nosocomial systemic bacterial infections according to antibiotic susceptibility in an 800-bed teaching hospital in France. Clin Microbiol Infect; 11: 502-4.
9 Seboxa T. et al., (2015) High mortality from blood stream infection in Addis Ababa, Ethiopia, is due to antimicrobial resistance, PLOS One. 10: e0144944.
10 Antimicrobial Resistance Collaborators. (2022) Global burden of bacterial antimicrobial resistance in 2019: a systematic analysis, Lancet. 399: 629–55.
