Une étude pluridisciplinaire de l'émergence des maladies: le regard des sciences humaines sur les relations hommes-singes en Afrique équatoriale – SHAPES

Nous avons mis en place une approche innovatrice et pluridisciplinaire pour atteindre ces objectifs, dont la base reposait sur les méthodes anthropologiques et historiques. Ces outils ont fortement influencé une approche quantitative -- un questionnaire, mais plus important, une approche innovatrice et participative, au cours de laquelle des volontaires ont noté leurs activités dans la forêt pendant 13 mois, ainsi que leurs contacts (géolocalisés) avec neuf espèces de PNHs. En outre, nous avons recueilli des échantillons de selles chez les personnes habitant au sud-est Cameroun et chez des gorilles et des chimpanzés vivant dans la même forêt. Nous avons évalué les écologies microbiennes de ces échantillons. Nous avons comparé non seulement ces écologies microbiennes avec celles de gorilles et de chimpanzés en captivité (dans un zoo européen), ainsi que leurs soigneurs humains, mais nous avons également mobilisé nos analyses en sciences sociales pour élaborer des interprétations plus robustes concernant les résultats de ces écologies microbiennes.

Le projet SHAPES a mené une analyse multidisciplinaire du concept de “contact” humain-animal, un driver de l’émergences des maladies animales dans les populations humaines. Ce projet a été le premier a examiné du point de vue historique les dynamiques de l’émergence du VIH au Cameroun. Nous avons également évalué les dynamiques complexe des changements de la couverture forestière à la lisière de la forêt équatoriale en République Démocratique du Congo. Ce projet a contribué à un nouveau projet, financé par la Commission Européenne pour un réseau global des centres de sciences sociales pour la préparation et la réponse aux menaces infectieuses et la résistance antimicrobienne. Ce réseau global sera coordonné par Tamara Giles-Vernick (Institut Pasteur) et va démarrer en janvier 2019. Lys Alcayna-Stevens a contribué, par son expertise liée au projet SHAPES, à la riposte de l’épidémie Ebola en province Equateur, RDC.

Nous continuerons à approfondir notre compréhensions des maladies zoonotiques. Financée au titre de l'appel à projets interdisciplinaires d'INCEPTION, l'étude MICROTONE met en lumière l'émergence de maladies zoonotiques en examinant les voies sociales et écologiques facilitant les échanges microbiens et viraux entre les humains et les animaux. Nous effectuons des analyses métagénomiques comparatives du virome et du microbiome intestinal chez des personnes et des animaux sauvages et domestiques selon un gradient de changement écologique dans une mosaïque forêt-savane en République démocratique du Congo, un épicentre de l'apparition de maladies zoonotiques.
Nous avons également reçu un financement Horizon 2020 de la Commission européenne pour coordonner SoNAR-Global, un réseau mondial de sciences sociales chargé de la préparation et de la riposte aux menaces infectieuses et à la résistance antimicrobienne. SoNAR-Global, coordonné par Tamara Giles-Vernick, réunira onze partenaires dans des institutions en sciences sociales dans le monde. Ce projet débutera en 2019.

Le projet SHAPES a publié plusieurs articles, et d’autres manuscrits sont en cours de finalisation pour soumission. Nous avec publié deux articles dans la revue EcoHealth, le premier sur les débuts du VIH, et le deuxième qui repense la notion de contact entre les humains et les PNHs en Afrique centrale. Nous avons également un autre article à paraître dans PLoS Neglected Tropical Diseases (accompané par un communiqué de presse émis par la revue). Un autre article à paraître (2019) a été écrit par le doctorant Christophe Demichelis, examinant l’analyse du paysage et les approches trans-disciplinaire. Il a également un chapitre à paraître dans un ouvrage géographique sur les activités humaines et le paysage à la lisière de la forêt en République Démocratique du Congo. Enfin, au moins deux articles seront soumis en 2019, concernant la comparaison du microbiote intestinal des grands singes et les humains en milieu naturel et dans un parc animalier européen et intégrant nos analyses sciences sociales.

Cette étude multidisciplinaire examine l’évolution et les différents contextes des types de contacts entre humains et primates nonhumains en Afrique équatoriale ainsi que les conséquences sanitaires de ces contacts. Si ces contacts ont été abordés par les recherches biomédicales, les sciences sociales se sont peu penchées sur la question. Nous proposons de réunir des analyses anthropologiques, historiques, géographiques et biologiques pour mieux comprendre comment ces différents contacts ont évolué au court du temps et comment ils ont influencé la santé humaine. Ce projet de sciences humaines vise à prendre en compte la complexité et la variabilité des pratiques humaines et des processus spatio-temporels de la transmission zoonotique et d'apparition des maladies. Cette étude offrira un socle multi-disciplinaire au sein duquel les sciences sociales offriront un éclairage sur les dynamiques actuelles et passées d’émergence des maladies. Nous mènerons également une étude pilote metagénomique des enterotypes présents à la fois chez les grands singes et chez les humains qui sont un élément clé pour comprendre l’origine des pathogènes pouvant coloniser le corps humain.