Analyse de la supériorité écologique conférée, par l’acido-résistance, à des Escherichia coli producteurs de shigatoxines (STEC), de la fourche à la fourchette. – Acido-resistance STEC

Les ruminants d'élevage constituent le réservoir principal de souches STEC. La transmission à l'homme a lieu lors de la consommation de viandes peu cuites, de produits laitiers non pasteurisés, de légumes ou d'eau contaminés par des fèces d'animaux porteurs de souches STEC. La dose infectieuse d'E. coli O157:H7 est particulièrement faible (<200 organismes). Pour coloniser un hôte et déclencher une pathologie ces souches STEC résistent à une série d'assauts déclenchés par l'hôte (acidité, sels biliaires, forte osmolarité). Ces souches STEC doivent en particulier être capables de survivre significativement dans l'environnement très acide de l'estomac. De nombreux travaux, parfois contradictoires, décrivent cette capacité à résister à l'acidité en particulier chez le sérotype O157:H7.
Notre objectif est de mieux caractériser chez des souches STEC de tous sérotypes cette résistance puis de tester la supériorité écologique conférée par cette propriété. La supériorité écologique des souches STEC sera évaluée par leur capacité de survie, voire de multiplication, dans l'environnement (rhizosphère en utilisant des microcosmes, fumier), dans le tube digestif des bovins, dans des fabrications pilotes de produits issus de fermentations lactiques (fromages, salaisons). Nous envisageons de contaminer expérimentalement ces fabrications par le groupe de souches issues de biofilms développés sur les surfaces rencontrées dans les ateliers agroalimentaires.
Enfin, le séjour des STEC dans les compartiments digestifs des ruminants induisant les mécanismes d'acido-résistance, nous évaluerons la capacité de levures et de bactéries lactiques (probiotiques) introduites dans l'alimentation à interférer avec cette induction
Les principaux résultats attendus sont : la définition génétique de l'acido-résistance d'un STEC issu de matrices alimentaires et de l'environnement et la réponse à la question : les STEC ont-ils une supériorité écologique dans les différentes matrices considérées et au cours des processus fermentaires, et si oui il y a-t-il des stratégies de maîtrise ?
Les principales valorisations socio économiques sont :
-la mise en place d'un outil de détection des STEC acido-résistants, cet outil est important dans une démarche de type HACCP pour la maîtrise du danger STEC si la démonstration est faite de leur supériorité écologique.
-la proposition de solutions de maîtrise passant non pas par une détection des STEC acido-résistants mais par une diminution de leur prévalence aux différents stades des filières, notamment ajout de probiotiques dans l'alimentation des ruminants, gestion optimale des effluents d'élevage, des surfaces des ateliers agro-alimentaires.
Pour l'industriel partenaire, la démonstration de l'intérêt des probiotiques pour limiter le portage de STEC acido-résistants par les ruminants permettrait une valorisation évidente des microorganismes commercialisés, tant au niveau de l'éleveur que du consommateur, en particulier dans les pays qui ont déjà connus des TIAC de grande ampleur liées aux STEC et où la prévalence des STEC chez les bovins conduits intensivement est connue pour être élevée (USA par exemple).