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Infrastructure Française de Protéomique (ProFI)


Action : Infrastructures


N° de convention : 10-INBS-0008

Informations générales

  • Référence projet : 10-INBS-0008
  • RST : Jérôme GARIN
  • Etablissement Coordinateur : CNRS Alpes (Grenoble)
  • Région du projet : Auvergne-Rhône-Alpes
  • Discipline : 5 - Bio Med
  • Aide allouée : 14 999 300 €
  • Date de début du projet : 01/02/2012
  • Date de fin du projet : 31/12/2019
  • Site web du projet : http://www.profiproteomics.fr/
  • Mots clés : Protéomique;plateformes;spectrométrie de masse;bioinformatique

Résumé du projet

  Le décryptage des grands mécanismes cellulaires se trouve au cœur des sciences du vivant et de la santé. Ce décryptage passe par la caractérisation des acteurs moléculaires qui sont impliqués dans ces mécanismes, en particulier les protéines. L’ambition dans laquelle l’infrastructure ProFI a inscrit son action R&D est celle du développement d’outils et de méthodes qui permettent d’apporter une caractérisation de plus en plus fine des protéines qui composent les systèmes biologiques. Pour cela, l’infrastructure ProFI rassemble trois des principales plates-formes protéomiques françaises, créant ainsi une structure capable de se comparer à terme aux plus grands centres européens du domaine. ProFI inscrit une part importante de ses moyens dans le développement de nouveaux outils et méthodes qui ont vocation à irriguer les plates-formes protéomiques françaises grâce à des actions de formation ayant pour cibles prioritaires les ingénieurs qui opèrent ces plates-formes.  Faits marquants en 2016 : Agenda des livrables R&D respecté grâce à un suivi et une coordination efficace du travail. La suite logicielle « PROLINE »  a été enrichie de nouvelles fonctionnalités et déployée plus amplement en France. Un article est en cours de rédaction et plusieurs présentations ont été faites lors de congrès nationaux et internationaux. ProFI a poursuivi sa collaboration avec la Suisse dans le cadre du projet international C-HPP qui consiste à annoter le génome humain à l’aide de données massives de protéomique (Vandenbrouck et al, J Prot Res, 2016 ; Deutsch et al. J Prot Res, 2016 ; Duek et al. J Prot Res, 2016). Le « pipe-line » analytique mis en place par ProFI fait aujourd’hui référence. Collaboration avec d’autres infrastructures nationales : projet biologique avec l’infrastructure PHENOMIN (B. Malissen) et interaction avec l’IFB pour le déploiement de « Proline » sur le Cloud. Organisation de deux sessions de formation métiers : Analyses MS ciblées ; Traitement de données.

(L'auteur de ce résumé est le coordinateur du projet, qui est responsable du contenu de ce résumé. L'ANR décline par conséquent toute responsabilité quant à son contenu.)