Le programme NET-BIOME est organisé en trois axes thématiques
Axe 1 : La gestion, l’évaluation et la valorisation de la biodiversité, de ses services et ressources dont ceux concernant le développement d’une agriculture et d’une pêche durable, incluant les aspects esthétiques et culturels.
Axe 2 : La gestion et la planification spatiale des zones côtières afin d’assurer une gestion et une utilisation durable de la biodiversité (marine et terrestre) dans un contexte de pressions croissante des activités humaines et de changements globaux.
Axe 3 : La caractérisation de la biodiversité (des gènes aux écosystèmes et au paysage) et des facteurs de son évolution tout en permettant le renforcement des capacités locales et de décisions politiques.