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L’ensemble des processus de l’agence : programmation, sélection de projets et suivi-bilan de projets font l’objet d’une certification ISO 9001 depuis 2010. Afin d’adopter une démarche d’amélioration permanente de ses actions et pour répondre au plus près aux attentes de l’ensemble des bénéficiaires de l’ANR (communautés scientifiques, entreprises, associations,etc.), l’ANR met en place un « Comité des utilisateurs ». Il notamment chargé de réagir sur la perception des processus, leur efficacité et de rendre compte des difficultés rencontrées lors des différentes étapes du cycle d’un projet- de la soumission à la clôture. Le comité peut donner des avis à la fois sur les aspects scientifiques et administratifs.

L’exercice de programmation de l’ANR est mis à jour annuellement, même si la plupart des programmes thématiques font l’objet de plusieurs appels à projets consécutifs (généralement trois). Pour ces raisons, les choix de programmation font l'objet d'une consultation volontairement très étendue auprès de différents acteurs du système français de recherche et d’innovation (pouvoirs publics, alliances de recherche, universités, entreprises, pôles de compétitivité, académies, sociétés savantes, etc.).

L'Agence Nationale de la Recherche (ANR) et le National Council for Scientific and Technological Development (CNPq) du Brésil sont heureux d’informer la communauté scientifique de la signature d’un accord de coopération visant à financer des projets de recherche collaborative entre des équipes françaises et brésiliennes. En 2011, cet accord est mis œuvre dans le Programme Blanc International II de l’ANR actuellement ouvert, en priorité pour des projets de qualité relevant des domaines suivants : Mathématiques, Physique, et Biodiversité.

Le 6 octobre 2010, plus de trois cents personnes - dont deux cents responsables de la recherche dans des entreprises et associations représentantes d’entreprises – ont répondu à l’invitation de l’Agence Nationale de la Recherche (ANR) à venir réfléchir aux moyens dont la recherche publique et privée peut contribuer à l’émergence de nouveaux modèles de croissance. Introduit par Alain Claeys, député de la Vienne, le colloque a été marqué par les réflexions de l’économiste Daniel Cohen qui ont aidé à mieux comprendre notre économie et notre société.

Valérie Pécresse, ministre de l’Enseignement supérieur et de la recherche, et René Ricol, commissaire général à l’investissement, ont dévoilé les 52 projets lauréats de la première vague de l’appel à projets « Equipements d’excellence ». Doté au total d’un milliard d’euros, cet appel à projets permettra aux laboratoires français d'acquérir des équipements scientifiques de pointe leur permettant de réaliser des travaux de recherche au meilleur niveau mondial, au service de l’accroissement des connaissances et de l’innovation.

Lors de l'appel à projets ARPEGE 2008, l'ANR en partenariat avec l'ANSSI (Agence nationale de la sécurité des systèmes d'information) a lancé un concours en matière de sécurité informatique. Parmi les équipes postulantes, 3 ont été retenues et financées par l'ANR pour innover en matière de sécurisation d'un système d'exploitation supportant des fonctionnalités grand public.

L'ANR consulte chaque année l'ensemble des différentes communautés scientifiques et organismes de recherche : les alliances, les Académies, les universités et grandes écoles, les pôles de compétitivité. Les directions concernées des ministères ont également été consultées afin de vérifier l'adéquation des futures orientations de ses programmes avec les politiques publiques. Les huit comités scientifiques sectoriels de l'ANR ont fait, sur la base de la consultation épistolaire, des propositions de programmes.

Depuis 2005, l'ANR a financé plus de 1500 projets dont 220 sur les nouvelles technologies de l'énergie, combinant à la fois recherche fondamentale et recherche industrielle, avec une forte composante de partenariat public-privé.
Les 19 et 20 novembre 2009, l'ANR a organisé son premier colloque sur les énergies du futur et leur impact sur le développement durable, à la Cité des Sciences et de l'Industrie de Paris.