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Projects and Results2013 and previous editionsEnvironment and Biological ResourcesThématiques ERBComprendre et connaître les mécanismes d'adaptation

2013 and previous editions

 

 

 

Le programme BIOADAPT initié en 2011 est prévu pour un cycle de trois ans (2011-2012-2013). Il soutient les recherches en biologie et génétique sur la compréhension et la mise en œuvre des mécanismes d’adaptation du vivant au niveau des gènes, des individus, des populations et des espèces et leur évolution face aux changements globaux, aux stress et aux perturbations.

Ce programme est complémentaire de deux autres programmes thématiques ERB : AGROBIOSPHERE et CEP&S/SOC&ENV.

Le programme BIOADAPT est issu de l’évolution du programme « Génomique, Biotechnologies végétales » pour répondre de manière large aux enjeux de l’adaptation aux changements globaux. Le programme « Génomique, Biotechnologies végétales » (2008-2009-2010) succédait lui-même aux programmes GENANIMAL (2005-2006-2007), GENOPLANTE (2005-2006-2007), GMGE (Génomique microbienne à grande échelle, 2007) et OGM (2005-2006-2007). Depuis 2010, une partie des recherches sur la génomique est reportée sur le programme Blanc (non –thématique).

Pour en savoir plus sur BIOADAPT, cliquez ici

Pour en savoir plus sur l’historique des programmes précédents :

Génomique animale 

Ce programme de recherche s’est construit à partir de 2005 dans le prolongement des travaux menés dans le cadre du groupement d'intérêt scientifique AGENAE (Analyse du GENome des Animaux d'Elevage), et financés de 2002 à 2004 par le Ministère délégué à la Recherche.

Le programme a pour ambition de développer des recherches génériques et des actions de recherche finalisée dans le domaine de la génomique animale. Il vise, au sein de quatre espèces majeures (bovin, porc, poule et truite), à identifier la partie exprimée du génome, à renforcer la contribution des équipes françaises à la cartographie des génomes entiers et à initier une recherche systématique des expressions génétiques diverses dans les populations animales. Les projets de recherche finalisée ont la particularité d’associer étroitement les partenaires industriels des quatre filières aux laboratoires publics. Six axes thématiques ont été identifiés : i) la génomique vue sous l’angle des ressources primaires, c'est-à-dire la participation des équipes françaises à des consortiums publics internationaux en charge du séquençage, de la cartographie fine génétique et ou physique, de l’annotation des séquences (identification prédictive des gènes) et enfin la prise en compte de la diversité génétique des espèces et des populations des animaux d’élevage. L’accent a été mis sur l’obtention et l’utilisation de marqueurs moléculaires ; ii) la biologie intégrative sous l’angle du déterminisme génétique des grandes fonctions physiologiques (résistance aux pathogènes incluse) ; iii) la bioinformatique ; iv) les approches innovantes telles que les nouvelles méthodologies en génomique et le recueil à haut débit des données phénotypiques ; v) la physiopathologie ; vi) la variabilité génétique. En 2006 le programme a été ouvert à toutes espèces animales d’intérêt socio-économique et vers la constitution de ressources biologiques.

Ce programme s’est poursuivi de 2008 à 2010 sous l’appellation « Génomique, Biotechnologies Végétales » avec les mêmes thématiques. Depuis 2010, une partie des recherches sur la génomique est reportée sur le programme blanc.

Génomique végétale

Ce programme de recherche s’est construit dans la prolongation du programme du groupement d’intérêt scientifique Genoplante initié en 1999 avec le soutien budgétaire des Ministères de la Recherche et de l’Agriculture, puis par l’ANR depuis 2005. Les objectifs des différents appels à projets du programme sont : i) d’acquérir de nouvelles connaissances en génomique végétale sur la diversité des gènes d’intérêt et leur validation fonctionnelle, ii) de favoriser des projets ciblés à vocation finalisés dans le cadre de partenariats public/privé, iii) de sélectionner des projets génériques sur des sujets émergents ouverts à toute la communauté scientifique, iv) de renforcer les interactions internationales au niveau européen.

Les travaux portent sur les principales espèces cultivées (blé tendre et dur, maïs, colza, tournesol, pois) et sont élargis à d’autres espèces importantes, pour lesquelles les professionnels expriment un intérêt (tomate, pomme de terre, vigne, pin maritime, cacaoyer, caféier, riz, coton). Trois grands domaines sont retenus avec : (i) des recherches méthodologiques et le développement de nouveaux outils ; (ii) des recherches sur l’analyse, le fonctionnement et l’expression des génomes ; (iii) des recherches sur des thématiques biologiques récurrentes et prioritaires dans plusieurs domaines de la génomique végétale qui viendront renforcer les projets ciblés.

Ceci comprend notamment : l'identification et la détermination de la fonction de gènes chez les espèces modèles pour en déduire de nouvelles fonctionnalités chez les espèces cibles, la recherche de nouvelles possibilités de modification génétique (mécanismes de la recombinaison de l’ADN), le fonctionnement intégré de la plante, y compris dans ses interactions avec l’environnement biotique ou abiotique, le développement et l’amélioration des populations destinées à l’analyse des génomes, l’extension et le perfectionnement des outils bioinformatique et des outils d’analyse d’expression et d’études des banques génomiques. Dès 2006, il a été identifié le besoin de porter une attention sur la création de nouvelles ressources génomiques en lien avec les approches biotechnologiques innovantes (nouveaux supports de puces, nouvelles collections, nouvelles approches autour du transcriptome, du protéome ou du métabolome …), sur la production de biocarburants et utilisations non alimentaires des cultures ainsi que sur la génomique et biologie intégrative en liaison avec les contraintes abiotiques. En 2007 les préoccupations de développement durable sont prises en compte, il est souligné dans l’AAP le besoin d’améliorer la qualité et la sécurité des produits agricoles ; de minimiser l’impact sur l’environnement notamment par la réduction des intrants d’accroître la productivité agricole des espèces cultivées et leur tolérance aux aléas climatiques, de promouvoir largement l’utilisation des outils déjà mis au point, et de développer de nouvelles connaissances et technologies, en particulier dans des domaines où la France accuse encore un retard comme l’étude du protéome et du métabolome.

Ce programme s’est poursuivi de 2008 à 2010 sous l’appellation « Génomique, Biotechnologies Végétales » avec les mêmes thématiques.

A ces programmes s’est adossé un programme international européen sous l’égide d’un ERA-NET consacré à la génomique des plantes : ERA-PG (Eranet Plant Genomics). Le premier  appel lancé en 2006 a évolué ensuite à compter de 2008 vers le programme Plant-KBBE (“Transnational PLant Alliance for Novel Technologies – towards implementing the Knowledge-Based Bio-Economy in Europe”). Entre 2008 et 2010, les agences de financement allemande, espagnole, portugaise et française ont publié annuellement des appels d’offres visant à faciliter la coopération en génomique végétale, dans le cadre d’une recherche partenariale associant le public et le privé.

Depuis 2010, une partie des recherches sur la génomique est reportée sur le programme Blanc. A partir de 2011/2012 le nouveau programme BIOADAPT soutient les recherches en biologie et génétique sur la compréhension et la mise en œuvre des mécanismes d’adaptation du vivant au niveau des gènes, des individus, des populations et des espèces et leur évolution face aux changements globaux, aux stress et aux perturbations.

Génomique microbienne à grande échelle (GMGE)

Ce thème a fait l’objet d’un programme spécifique en 2007. Il a ensuite été intégré, en tant qu’axe thématique,  au programme « Génomique, Biotechnologies Végétales » mis en place entre 2008 et 2010. Dans ce programme, l’axe thématique concernait les génomes microbiens procaryotes et eucaryotes, y compris des protistes et des génomes viraux. Les sous-axes thématiques proposés portaient sur les questions suivantes : - la génomique des microorganismes interagissant avec l’homme ou les animaux de rente, - la génomique des microorganismes interagissant avec  les plantes, - la métagénomique de divers microbiomes (humains, du sol, des océans…), - la génomique microbienne à grande échelle pour l’identification de gènes codant des enzymes utiles en chimie industrielle, - la biologie synthétique.

OGM

Ce programme de recherche scientifique sur les OGM fait suite à différentes actions lancées par l’INRA en 1998 (AIP), par le MRT en 1999 et 2002 (deux ACI) puis par le CNRS en 2001 et 2002 (impacts biotechnologies dans les agrosystèmes) ; la communauté scientifique française avait donc déjà été mobilisée sur ce domaine. Le programme national de recherches sur les OGM vise à renforcer et structurer une capacité nationale de recherche et d'expertise dans ce domaine, en développant plusieurs axe de recherches : i) Eclairer les enjeux économiques, éthiques, juridiques et sociaux, ii) Renforcer et approfondir les travaux sur la dissémination des gènes et les interactions écologiques au sein des écosystèmes, iii) Concevoir et évaluer les systèmes de production intégrant des OGM, iv): Améliorer les méthodes génériques de transformation et les connaissances sur les interactions entre les transgènes et leur environnement génétique, v) Développer une démarche globale d’analyse de la sécurité des aliments issus d’OGM. Ce programme a fait l’objet de 3 appels d’offre. Alors que l’AAP 2005 était dirigé sur les plantes OGM, les AAP 2006 et 2007 ouvrent clairement le programme aux animaux OGM de type élevage ou agents de lutte biologique avec extension de l’éligibilité aux organismes issus de biotechnologies non transgéniques mais présentant des enjeux similaires. Les objets de recherches attendus concernent : 1) La conception de nouveaux modes de production utilisant des OGM en milieux confinés (serres, bioréacteurs) ; 2) Des études des pratiques agricoles et systèmes de culture pour augmenter la maîtrise de la dissémination des gènes ; 3) Des recours à la modélisation ; 4) Des observatoires de biovigilance et sites ateliers pluriannuels.

Plus de programme OGM dédié à partir de 2008, mais les projets sur ce thèmes sont éligibles dans le programme thématique Génomique et Biotechnologies végétales et dans le département SHS.

 

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