Identification de protéines impliquées dans le devenir de l’uranium chez les plantes – GreenU

Pour identifier et caractériser les transporteurs impliqués dans le trafic d'U chez A. thaliana, les plantes sont cultivées en condition hors sol. Elles sont soumises à des conditions de culture permettant des modifications d’expression des gènes codant des transporteurs d’éléments essentiels. L’accumulation et la distribution de l’U sont ensuite déterminées par spectrométrie de masse à plasma inductif. Les conditions induisant une incorporation massive de l'U sont caractérisées et les transporteurs impliqués seront identifiés. Des systèmes d'expression hétérologues (bactéries, levures …) seront utilisés pour la production et la caractérisation fonctionnelle des transporteurs sélectionnés.
Les protéines capables de lier l'U seront purifiées par chromatographie d'affinité sur métal immobilisé (ion uranyle, UO22+) ou par des techniques conventionnelles de chromatographie liquide (échange d'ions, filtration sur gel...) qui préservent les interactions protéine-métal. Les protéines seront ensuite identifiées par spectrométrie de masse en tandem. Les ‘U-binding proteins’ candidates seront purifiées sous forme de protéines recombinantes et leur capacité à lier l’U et d'autres métaux sera analysée par différentes approches. Pour mieux comprendre les mécanismes de liaison de l'U aux cibles protéiques, les structures 3D seront déterminées par cristallographie aux rayons X ou par résonance magnétique nucléaire (RMN).
La caractérisation des transporteurs candidats et des U-binding proteins se fera in planta à l'aide soit de mutants d'Arabidopsis qui n’expriment plus les gènes d’intérêt soit de plantes qui les surexpriment. Ces lignées seront analysées pour déterminer leur sensibilité à l'U et la distribution de l'U dans la plante.

Des expériences réalisées sur des plantes d’Arabidopsis thaliana ont permis de mettre en évidence les conditions de culture qui favorisent une accumulation d’U dans la plante. Des expériences de compétition sont actuellement réalisées afin de confirmer ces résultats. Cela permettra de mettre en place dans un futur proche les expériences ad hoc afin d’identifier les transporteurs d’éléments essentiels qui sont impliqués dans l’entrée de l’U dans les racines.
Des approches biochimiques in vitro et in vivo ont été réalisées afin de purifier et d’identifier des ‘U-binding proteins’ qui peuvent être des cibles potentielles de toxicité et/ou être impliquées dans la séquestration et la détoxication de l’U. Nous avons actuellement identifié et étudié en détail une U-binding protein. Cette protéine a été surexprimée dans E. coli et purifiée à homogénéité. Les études biochimiques ont confirmé qu’elle fixait l’U et son étude structurale est en cours. Les expériences préliminaires réalisées in planta sur des mutants d’Arabidopsis qui n’expriment plus cette U-binding protein montrent que la distribution de U dans la plante est modifiée.
Le partenaire 1 de ce projet fait partie depuis quelques mois d’un consortium de scientifiques qui travaillent sur une Zone Atelier, la ZATU (Zone Atelier des Territoires Uranifères). La ZATU se situe sur une ancienne mine d’U exploitée dans les années 50. Nous allons y effectuer des analyses pour étudier le transfert sol/plantes dans cet écosystème riche en U et autres métaux polluants.

Ce projet va permettre d’acquérir des connaissances fondamentales sur les différents mécanismes moléculaires qui contrôlent l’entrée de l’uranium dans la plante, sa translocation vers les parties aériennes et sa séquestration à l’intérieur de la plante ainsi que sur la toxicité de cet élément. La connaissance de ces mécanismes est un prérequis pour le développement de biotechnologies végétales notamment de phytomanagement

- Dans le cadre de l’étude du devenir de l’uranium chez Arabidopsis (cadre du projet GreenU), nous avons analysé l'impact de l'uranium sur les processus physiologiques et cellulaires qui contrôlent le développement et l'architecture des racines. Ce travail a été publié en 2019 dans la revue internationale Environmental and Experimental Botany (‘Uncovering the physiological and cellular effects of uranium on the root system of Arabidopsis thaliana’. Serre NBC, Alban C, Bourguignon J, Ravanel S (2019) 157: 121-130).
- Les travaux du projet GreenU qui concernent l’identification et l’analyse structurale des ‘Uranium-binding proteins’ seront présentés au cours d’une communication orale au ‘7th international symposium on Metallomics’ (30 juin-3 juillet 2019, Varsovie, Pologne). Le titre de la présentation faite par Benoît Revel (étudiant en 2ème année de thèse à l’Université de Grenoble Alpes) sera : ‘Exploring the fate of Uranium in plants: Identification of Uranium-binding proteins’.

L'uranium (U) est un radionucléide naturellement présent dans la croûte terrestre. Il est principalement redistribué dans l'environnement par des activités anthropogéniques (e.g. l'extraction de l’uranium et du phosphate, l'industrie nucléaire, les activités militaires et la fertilisation des sols). L’uranium peut s’accumuler localement à des concentrations qui présentent des risques potentiels pour les écosystèmes, les agrosystèmes et, en fin de compte, pour la santé humaine. En effet, ce radionucléide est chimiotoxique et potentiellement radiotoxique (l’uranium naturel a une faible activité spécifique) pour tous les organismes vivants. Même si l’uranium n'est pas essentiel pour les plantes, il est absorbé à partir du sol, incorporé dans la biomasse, et par conséquent entre dans la chaîne alimentaire. Ainsi, la contamination des sols par l’uranium et son absorption par les plantes représentent un risque important pour la santé des êtres humains. Le but du projet GreenU est de mieux comprendre les mécanismes moléculaires qui régissent le devenir de l’uranium dans les plantes. Cela comprend la caractérisation des transporteurs d’uranium impliqués dans l'absorption par les racines, la translocation vers les organes aériens, la distribution dans les structures cellulaires de la plante (paroi cellulaire, vacuoles...), ainsi que l'identification de protéines qui interagissent avec l’uranium (U-binding proteins). La caractérisation de ces protéines fournira de nouvelles connaissances sur la toxicité chimique de l’uranium dans les plantes et est une condition préalable à une gestion durable de ce radionucléide dans les sols pollués et dans la chaîne alimentaire.