PIGLETBIOTA : une étude de biologie intégrative de l’influence du microbiote intestinal sur la robustesse des porcelets au sevrage, dans la perspective de la réduction de l’usage des antibiotiques dans les élevages. – PIGLETBIOTA

Dans un contexte de changement climatique et de tension sur les ressources naturelles, un défi en productions animales est de fournir de la nourriture à une population en augmentation, en respectant l’équilibre entre qualité des produits, sécurité du consommateur et bien-être animal. Dans la perspective de promouvoir des systèmes alimentaires sains et durables, réduire l’usage des antibiotiques en élevage est identifié comme un enjeu majeur dans les années à venir, afin de réduire les risques d’antibiorésistance. En effet, le transfert de gènes dans l’environnement et la chaine alimentaire peut favoriser le développement de bactéries résistantes aux traitements antibiotiques, susceptibles de causer des problèmes majeurs en santé publique comme en élevage.

En élevage porcin, la période du sevrage est souvent accompagnée d’une perte de croissance due à une alimentation irrégulière et des diarrhées, qui pourraient être associées à un déséquilibre de la flore intestinale (dysbiose) et/ou à des infections intestinales opportunistes. Pendant cette période, afin de réduire les risques de morbidité et de mortalité, l’usage des antibiotiques est fréquent. De fait, réduire l’usage prophylactique des antibiotiques lors du sevrage est une question de tout premier ordre et l’identification d’alternatives une nécessité.
Dans ce contexte, nous avons construit un partenariat public-privé qui rassemble des acteurs de l’INRA et des industriels de l’alimentation animale et de la sélection porcine. PigletBiota est un projet précompétitif qui cible l’étude des bases physiologiques et génétiques de la sensibilité au sevrage, pré-requis indispensable à l’identification de leviers pour adapter les animaux et les systèmes de production à une réduction de l’usage des antibiotiques.

Le projet PigletBiota propose une approche de biologie intégrative pour identifier les principaux facteurs qui impactent la variabilité individuelle de la sensibilité au sevrage. Nous étudierons des porcelets jeunes depuis la naissance jusqu’au post-sevrage. D’une part nous mesurerons des paramètres de l’hôte (surveillance clinique, paramètres immuns et de stress, paramètres zootechniques, génotypes) et, d’autre part, nous caractériserons le microbiote intestinal pendant cette période de transition. Les porcelets seront élevés sans antibiotiques dans différents environnements (fermes expérimentales et commerciales) et sevrés à plusieurs âges. Environ 1000 animaux seront suivis cliniquement, mesurés pour des paramètres de production, d’immunité et de stress, et génotypés avec une puce SNP haute densité. Les paramètres génétiques de sensibilité au sevrage seront estimés et des études d’association génétique seront entreprises pour identifier les régions du génome qui influent sur la variation du phénotype. Les échantillons de fèces seront prélevés avant et après sevrage pour analyser la dynamique de changement du microbiote intestinal et étudier son influence sur la réponse individuelle des porcelets au sevrage. Les données de l’animal et de son microbiote seront intégrées verticalement pour étudier les interactions entre l’hôte et son microbiote dans une vision systémique, et identifier des indicateurs de la sensibilité au sevrage. Une étape de criblage fonctionnel est prévue pour permettre d’identifier des molécules actives à tester in vivo dans des populations conventionnelles et chez des porcelets axéniques. Le consortium mis en place pour PigletBiota favorisera le transfert des connaissances et l’émergence d’innovations.