Communautés de pathogènes: une association de malfaiteurs – STORY

L'étude des maladies infectieuses a typiquement eu tendance à se focaliser uniquement sur l'interaction entre un hôte et son agent causatif. Cette approche, hérité de la méthodologie médicale, a permis une meilleure compréhension des mécanismes épidémiologiques, en particulier pour les pathogènes antigéniquement stable comme la rougeole ou la varicelle. Cependant, il devient de plus en plus évident qu'une perspective plus large peut être nécessaire et que les agents pathogènes ne peuvent plus considérer séparément.
En effet, de nombreuses publications récentes ont identifié des interactions entre pathogènes dans des jeux de données empiriques, à l'échelle d'une population, que ce soit au travers d'une altération du système immunitaire ou d'une interférence écologique entre les populations qui sont susceptibles d'être infectés. Documenté sur une large palette de modèles biologiques, depuis les espèces animales jusqu'au systèmes de plantes en passant par les populations humaines, l'influence des interactions entre pathogènes sur les dynamiques épidémiologiques reste encore mal comprise. De façon plus importante, considérer ce types d'interactions dans une perspective de "communautés de pathogènes" pourrait permettre de comprendre comment ces communautés se forment et ainsi peut donner des informations pour les politiques de santé publique. Ceci représente un parfait exemple de comment une connaissance fondamentale en écologie peut apporter des éléments cruciaux dans les sciences médicales.
Se reposant sur un jeu de données décrivant l'historique d'infection à 10 espèces de pathogènes différentes pour plus de 4500 individus localisés dans toutes les provinces Gabonaises, nous saisissons cette opportunité unique de remplir trois objectifs: (i) détecter les interactions entre pathogènes à un niveau individuel, (ii) caractériser la structure des communautés de pathogènes à un niveau populationnel et comprendre comment ce type de structure peut émerger des interactions précédemment identifiées, et (iii) identifier les caractéristiques des communautés de pathogènes pouvant apporter des éléments cruciaux pour les stratégies de santé publique. Il sera alors possible d'apporter des informations sur les conséquences potentielles sur les autres maladies infectieuses de chaque type de contrôle envisagé qui peut modifier la structure des communautés de pathogènes ainsi que de permettre l'identification des hotspots potentiels d'émergence d'agents pathogènes grâce à la structure particulière de leur communauté de pathogènes.
Ainsi, ces objectifs, profondément ancrés dans la pensée écologique,permettront de comprendre de façon fondamentale les processus écologiques impliqués dans l'assemblage des communautés de pathogènes ainsi que de prévenir, voir de diminuer, les effets dévastateurs des épidémies de maladies infectieuses.