ARPEGE - Systèmes Embarqués et Grandes Infrastructures

Workflow pour les traitements intensifs en bioinformatique – BioWIC

Résumé de soumission

Le projet BioWIC à pour objectif d'accélérer les traitements de calcul intensif en bioinformatique sur des plateformes hétérogènes. Cette accélération repose à la fois sur la rapidité de conception des pipelines logiciels bioinformatiques et sur la rapidité d'exécution des différentes tâches qui le composent. La mise en place rapide d'une chaîne de traitements bioinformatiques passe par une spécification aisée de l'enchaînement des tâches. Nous proposons un modèle de workflow bâti autour de l'environnement Kepler spécifiquement conçu pour les applications scientifiques et qui repose sur le logiciel de conception Ptolemy II développé à l'université de Berkeley depuis plus de 20 ans. L'accélération du pipeline logiciel passe par un usage optimal des ressources disponibles sur la plate forme d'exécution ainsi que par l'usage de nouvelles solutions hardware adaptées au calcul intensif. Nous proposons de paralléliser les tâches coûteuses à la fois sur des ressources parallèles standards (cluster) et sur des accélérateurs de type FPGA (architecture reconfigurable) et GPU (processeur graphique). L'environnement BioWIC sera ouvert et accessible à la communauté scientifique via, entre autres, la plate forme bioinformatique GenOuest de Ouest Genopole, la plate forme bioinformatique MIGALE de l'INRA et une plate forme mixte FPGA / GPU mise à disposition par SGI.

Coordination du projet

Dominique LAVENIER (Organisme de recherche)

L'auteur de ce résumé est le coordinateur du projet, qui est responsable du contenu de ce résumé. L'ANR décline par conséquent toute responsabilité quant à son contenu.

Partenaire

Aide de l'ANR 633 539 euros
Début et durée du projet scientifique : - 36 Mois

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