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Le développement de stratégies efficaces et durables d’utilisation de résistances génétiques chez les plantes nécessite une meilleure compréhension des mécanismes évolutifs basée sur des approches modernes intégratives. Toutefois, les études expérimentales des effets de la sélection par les parasites à l’échelle du génome sont encore extrêmement rares. Le but de ce projet est d’identifier « en temps réel » les effets de la sélection naturelle induite par les bioagresseurs sur la structure et la variation génotypique d’une espèce d’arbre modèle (Quercus robur), en se basant sur un nombre important de polymorphismes (SNP) identifiés dans des gènes candidats. L’étude sera basée sur un dispositif expérimental de terrain où les données phénotypiques et génotypiques seront collectées. Deux populations de chênes présentant des taux d’apparentement différents (1500 individus au total) seront suivies pour des variables reliées à la fitness sous différentes intensités (naturelle ou manipulées) de sélection par des bioagresseurs pendant trois ans à partir de la germination. Tous les individus seront génotypés à 1500 loci SNP. Ces SNP auront été identifiés dans une centaine de gènes candidats de résistance, sélectionnés parmi les EST de chênes homologues de gènes de résistance déjà décrits dans d’autres espèces. La co-localisation des gènes candidats avec des QTL de résistance sera étudiée. A la fin de l’expérience, la structure génétique (données SNP mono- et multi-locus) et les patterns de variation seront comparés entre groupes différant par la fitness, au sein et entre les traitements de sélection, afin d’identifier des changements de fréquence allélique ou génotypique. Une analyse comparative sur les QTL sera réalisée avec l’espèce apparentée Castanea sativa pour vérifier si certaines régions impliquées dans la résistance sont conservées. Une autre validation sera réalisée en effectuant une étude d’association sur un sous-ensemble des gènes identifiés dans la première expérimentation dans une autre expérimentation de terrain sur la régénération des chênes.