Analyses phylogénomiques des bactéries pathogènes des poissons du genre Flavobacterium. – FLAVOPHYLOGENOMICS

Les conditions sanitaires sont le frein majeur au développement d’une aquaculture durable et limitent actuellement la productivité des fermes aquacoles. Les bactéries pathogènes appartenant au genre Flavobacterium sont une des premières causes de nuisance d’origine pathologique. Nous proposons un ambitieux projet de phylogénomique pour aboutir à la caractérisation d’éléments marqueurs de caractères phénotypiques, en particulier liés à la virulence et au spectre d’hôtes. Cette démarche se fonde sur l’acquisition et l’intégration de données de séquences génomiques collectées à grande échelle, à partir d’un ensemble de souches représentatives. Cette étude apparaît comme une étape essentielle pour développer des démarches prophylactiques rationnelles dans les élevages et permettra de mieux comprendre l’émergence de ces pathogènes.