ALIMINTEST : Effet de régimes alimentaires controlés sur la dynamique sructurale et fonctionnelle du microbiote intestinal humain – ALIMINTEST

Nutritionnistes et gastroentérologues s'accordent pour admettre que la microflore intestinale conditionne de nombreuses fonctions de l'hôte, dont la réponse immunitaire, et joue un rôle important dans le bien-être digestif mais aussi dans différentes pathologies non infectieuses, notamment inflammatoires. A ce jour, seule une faible proportion (10 à 20%) de la microflore intestinale est accessible par les méthodes de culture microbiologique. De ce fait la connaissance de cet écosystème, de son évolution et de son impact sur l'hôte est un domaine en pleine expansion. Notamment depuis l'apparition d'outils de biologie moléculaire tel que la metagénomique, qui permet d'accéder à la quasi totalité des bactéries d'un écosystème sans étape de culture. L'objectif de ce projet est d'utiliser ces nouvelles technologies afin de développer des outils de diagnostic phylogénétique et fonctionnel.
Cette stratégie sera mise en œuvre dans le cadre d'une étude clinique humaine sur volontaires sains, impliquant deux régimes alimentaires strictement contrôlés, administrés en cross-over randomisé en double aveugle. Cela permettra d'analyser l'évolution de la microflore intestinale humaine en fonction de l'exposition alimentaire, et d'estimer le caractère protecteur, pour l'hôte, qui peut en résulter. L'analyse statistique des résultats permettra de valider ces outils pour leur application future dans un contexte d'épidémiologie nutritionnelle. Les résultats de ce projet permettront enfin la construction d'un modèle prédictif de l'évolution de la microflore intestinale humaine en fonction du régime alimentaire.