Clonage positionnel d'un QTL à spectre large agissant sur la résistance aux Phytophthora chez les Solanacées – PHYTOSOL

PHYTOSOL : Clonage positionnel d'un QTL à spectre large agissant sur la résistance aux Phytophthora chez les Solanacées Les maladies causées par les Phytophthora spp. (Oomycètes) sont responsables de pertes substantielles sur un grand nombre de cultures, estimées supérieures à 10 milliards d'Euros. Les moyens de lutte sont limités: mesures prophylactiques lourdes à mettre en œuvre, traitements chimiques coûteux et en voie d'interdiction par la commission européenne, résistance variétale monogénique souvent contournée et résistance polygénique peu exploitée. Des équipes nationales et internationalles ont engagés des recherches portant sur la caractérisation moléculaire des interactions plante/Phytophthora. Ces programmes ont notamment pour objectif d'identifier les déterminants moléculaires du pouvoir pathogène des Phytophthora. Les études génétiques sur la résistance aux Phytophthora conduites chez plusieurs espèces hôtes ont d'ores et déjà permis de cloner des gènes majeurs de résistance aux Oomycètes chez Arabidopis, la laitue et la pomme de terre. Les résistances quantitatives à déterminisme polygénique, supposées plus durables, suscitent un vif intérêt. En dépit d'un intérêt économique et scientifique accru, encore peu d'informations sont disponibles sur la nature moléculaire des résistances polygéniques. Le projet proposé vise à déterminer la nature moléculaire d'un QTL de résistance actif contre plusieurs espèces de Phytophthora chez les Solanacées. Ce QTL, appelé Phy-P5 chez le piment (Capsicum annuum), confère un niveau élevé de résistance à différentes souches de P. capsici . Il montre une position colinéaire avec des QTL de résistance à P. infestans chez la pomme de terre et la tomate. Le clonage du gène Phy-P5 de résistance à Phytophthora chez le piment sera conduit par une double approche combinant clonage positionnel par atterrissage chromosomique et génomique comparative afin de tirer profit des ressources génomiques disponibles chez d'autres espèces. Une carte physique de la zone d’intérêt (WP2) sera réalisée après cartographie à haute résolution du locus à partir d'une population de 10,000 plantes ségrégeant pour le QTL à l'état Mendelisé (WP1). Le séquençage du clone BAC identifié comme portant le locus Phy-P5 et son annotation comparativement aux données de séquences disponibles dans les banques (WP3) permettront d'identifier des gènes candidats pour le locus Phy-P5. Le tri et la validation des candidats seront réalisés par transformation transitoire, démontrée efficace chez le piment, et transformation stable en système hétérologue (pomme de terre) (WP4). La diversité allélique sera analysée au sein du genre Capsicum (WP5) et des orthologues seront isolés chez d'autres Solanacées (WP6).