– COREGRAPEGEN

La filière viti-vinicole représente une part importante de l’économie agricole européenne mais également de sa culture. Le souci croissant des consommateurs européens de diminuer l’impact des pratiques agricoles sur l’environnement et d’améliorer la qualité alimentaire et sanitaire des produits agricoles relance l’intérêt de créer des variétés de vigne résistantes aux agents pathogènes et de qualité similaire ou améliorée par rapport aux variétés actuelles. Les déterminants génétiques de la qualité du raisin sont très mal connus chez Vitis vinifera. De plus, les ressources génétiques pour la résistance aux pathogènes sont trouvées principalement dans des espèces américaines et asiatiques du genre Vitis, de très mauvaise qualité. Il est donc important d’accélérer l’identification des gènes impliqués dans les caractères de résistance et de qualité et d’utiliser cette connaissance pour optimiser les schémas de sélection de variétés de raisin de cuve et de table. Les études d’association marqueur/caractère basée sur le déséquilibre de liaison ont prouvé leur intérêt pour l’identification de gènes responsables de maladies humaines dans le cadre desquelles il n’est pas possible de réaliser des croisements contrôlés. L’objectif général de ce projet est d’explorer la possibilité d’utiliser les excellentes collections de ressources génétiques disponible pour la vigne (cultivée et sauvage) pour réduire l’intervalle de confiance de QTLs pour des caractères agronomiques et pour la validation de gènes candidats (méthode de génomique fonctionnelle). Avec cet objectif général, le projet va se concentrer sur les objectifs spécifiques suivants : (1) Définition de core-collection(s) à partir des collections de ressources génétiques disponibles et d’essayer d’utiliser cette (ou ces) core-collections pour (2) réduire l’intervalle de confiance de QTLs et (3)réaliser des étude d’association entre la variation de séquence de gènes candidats (choisis sur la base d’étude d’expression de gènes, de synténie ou de co-localisations) et de caractères phénotypiques associés (résistance à l’oïdium et au mildiou, couleur de la baie, précocité de floraison). Le projet générera ainsi une core-collection de génotypes représentant un maximum de la variation allélique conservée dans les collections de ressources génétiques, une estimation du déséquilibre de liaison dans les régions des gènes étudiés et une estimation de l’intérêt de cette stratégie pour répondre aux questions posées. Tout ceci sera réalisé grâce à la collaboration entre des équipes spécialisées dans la gestion et l’analyse de ressources génétiques et des groupes possédant une expertise en génomique.