Détection et validation de génes impliqués dans les qualités de la viande bovine des trois principales races à viande en France – QualvigenA

Pour regagner des parts de marché, les éleveurs de races à viande sont particulièrement concernés par l'évolution de la consommation de viande bovine qui dépend largement de l'adéquation entre la qualité de la viande et l'attente du consommateur. Pour cela la filière a choisi de privilégier la segmentation du marché en fonction de la qualité. Or les cahiers des charges ne font pas référence au potentiel génétique des animaux à fournir une viande de qualité car les méthodes de sélection classiques ne sont pas applicables faute de mesure des qualités pour évaluer la valeur génétique des animaux. La disponibilité de marqueurs moléculaires de gènes impliqués dans la variabilité génétique des qualités représente un atout majeur pour la filière en permettant d'orienter les animaux porteurs des allèles favorables vers des segments du marché où la qualité est valorisée. Cette nouvelle information pourrait être intégrée par les organismes de sélection pour améliorer le troupeau allaitant non seulement pour des caractères de production, mais aussi de qualité.
L'objet du présent projet est de constituer un puissant outil d'analyse du déterminisme génétique des qualités de la viande indispensable au développement de méthodes de sélection basées sur des informations moléculaires. En sus de la variabilité polygénique, le dispositif expérimental permettra de valider tout marqueur génétique découvert en France ou à l'étranger et d'entreprendre des recherches de nouveaux gènes candidats ou de régions hébergeant des QTL.
La constitution de cet outil repose sur les programmes de testage sur descendance des taureaux d'IA dans les trois races à viande spécialisées : Charolaise, Limousine et Blonde d'Aquitaine. En sus des aptitudes bouchères classiquement contrôlées, la composition de la carcasse, des caractéristiques musculaires et les qualités de la viande seront enregistrées pour 3764 taurillons issus de 126 pères. Le présent projet vient en complément d'un précédent projet (QUALVIGENE) qui portait sur 1712 taurillons. Les qualités de la viande sont mesurées par des jurys entraînés et sont complétées par des mesures physiques (force de cisaillement, chromatographie) ou biochimiques (lipides intramusculaires, collagène, calpastatine, taille des fibres musculaires).
En plus d'une base de données phénotypiques, ce projet comporte la constitution d'une banque d'ADN de tous les taurillons, de leur père et de leur mère. Le présent projet comporte la recherche de marqueurs polymorphes (SNP et microsatellites) dans une dizaine de nouveaux gènes candidats ou nouvelles régions, en sus de ceux que le projet précédent a déjà permis d'étudier (32 SNP et 12 microsatellites). Actuellement ces gènes et régions candidats sont ceux rapportés dans la littérature ou les brevets. Mais cet outil sera utilisable pour tout nouveau gène qui sera mis en évidence dans les programmes INRA Mugène (approche génomique fonctionnelle), Vachotron (approche QTL) et le programme Européen GemQual (approche gènes candidats). Cet outil permettra également, grâce à une approche protéomique de caractériser les profils protéiques des viandes tendres en opposition aux viandes dures.
L'analyse conjointe des données de qualité et des haplotypes trouvés dans les gènes candidats ou les régions étudiés, permettra de vérifier l'existence de QTL en ségrégation dans ces races, de quantifier l'effet de substitution et d'évaluer le degré de liaison utilisable pour une sélection sur marqueur moléculaire