L'Agence nationale de la recherche Des projets pour la science

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Modalités de soumission 2014

Publication

 

Publication de l’Appel à projets générique 2018 - AAPG2018

 

 

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  • PalMyProt Approche fonctionnelle intégrée des protéomes S-Palmitoylés et N-Myristoylés chez Arabidopsis

    Espace et fonction de deux modifications lipidiques majeures des extrémités N des protéines
    Cette analyse s’inscrit dans le cadre de l’étude de la spéciation des protéines, une nouvelle approche de biologie des systèmes qui consiste à identifier pour chaque protéine l’ensemble des espèces et de les relier à un critère fonctionnel.

    Vers une utilisation du protéome lipidé comme marqueur de la physiologie cellulaire
    Ce projet se propose d’investiguer l’espace et la fonction de deux modifications lipidiques majeures affectant les N-termini des protéines, la N-Myristoylation (MYR) et la S-palmitoylation (PAL) en intégrant deux double-niveaux d’analyse (i) un niveau descriptif global au niveau du protéome et un niveau plus focalisé et détaillé pour un nombre restreint de cibles choisies inédites et (ii) une analyse à la fois qualitative et quantitative de type biologie des systèmes de l’impact physiologique de ces modifications. MYR et PAL sont connues pour être (i) le plus souvent induites co-traductionnellement après coupure de la première méthionine des protéines, (ii) sont fréquemment associées en tandem et (iii) impliquées dans des voies de transduction de signal comme c’est le cas ddes protéines kinases. L’étude portera sur le modèle Arabidopsis thaliana, un organisme particulièrement riche en ce type de modifications, selon les analyses bio-informatiques qu’une étude pilote préalable du partenaire 1 a révélé récemment.



  • APPIBio APPROCHE PLURIDISCIPLAIRE DE L’IMPACT DES BIOCARBURANTS SUR LES SYSTEMES DE POST-TRAITEMENTS DIESEL

    Evaluation de l’empoisonnement de la ligne de post-traitement catalytique lors de l’utilisation massive de bioDiesel.
    Une ligne d'échappement poids-lourd Euro VI est complexe et intègre un catalyseur d’oxydation (DOC), un catalyseur de réduction sélective des NOx (SCR), et un filtre à particules (FAP), avec une durabilité exigée de 700000km. Pour les véhicules fonctionnant exclusivement au biodiesel, il existe un risque majeur pour la chaine de post traitement car ce carburant contient des traces de métaux alcalins (Na, K) ou phosphore (P) qui sont des poisons potentiels pour la chaine de post-traitement.

    Enjeux et objectif : comprendre et prédire la dégradation de l’efficacité de l’ensemble de la ligne de post traitement avec l’usage de bioDiesel.
    Ce projet est dédié à des recherches élémentaires nécessaires aux avancées technologiques dans les transports (poids lourds) pour répondre aux normes de dépollution, en insistant par ailleurs sur la réduction des émissions de CO2. Les poids lourds respectant la norme Euro VI sont équipés d’un système de post-traitement intégrant un catalyseur d’oxydation (DOC), un catalyseur de réduction sélective des NOx (SCR), et un filtre à particules (FAP), avec un objectif de durabilité de 7 ans ou 700 000km. Dans le cas de l’utilisation massive de bioDiesel, carburant à caractère renouvelable limitant l’impact carbone des véhicules, mais contenant des éléments chimiques poisons pour les catalyseurs (Na, K, P), la durabilité de ces procédés catalytiques peut être compromise. C’est un sujet d’importance majeure pour les acteurs du domaine tel que Renault Trucks qui commercialisent des véhicules homologués pour fonctionner à 100% au bioDiesel. La problématique soulevée est un sujet complexe, pluridisciplinaire, et les solutions proposées doivent être économiquement acceptables.
    Les verrous scientifiques à lever concernent la compréhension des mécanismes de désactivation des systèmes catalytiques et d’oxydation des suies, tout en intégrant les interactions entre les différentes briques catalytiques. L’influence de traitements thermiques (vieillissements supplémentaires et/ou régénération) sera examinée et les données collectées devront permettre à Renault Trucks d’affiner un modèle prédictif concernant l’évolution de l’efficacité du post traitement en fonction de l’usage des biocarburants.
    Enfin, dans le but d’obtenir des systèmes catalytiques plus résistants pour assurer le respect des normes en termes d’efficacité et de durabilité, chaque partenaire pourra proposer de nouvelles formulations catalytiques compatibles avec l’utilisation de ces bio-carburants.



  • IMPACT Identification des protéines de la matrice affectant les propriétés cristallographiques de la coquille des œufs de poules et de pintades

    Comprendre et expliquer pourquoi une coquille d’œuf est si solide
    Comprendre les mécanismes de formation de la coquille des oiseaux. Identifier et caractériser les mécanismes d’interactions entre protéines et minéraux dans l’appareil reproducteur des oiseaux qui permettent l’élaboration de la structure cristallographique de la coquille.

    Comprendre la formation de la coquille pour renforcer la qualité sanitaire de l’œuf
    L’œuf est un produit de base de la consommation humaine et un aliment de grande qualité à un faible coût pour le consommateur. Il se doit d’être sain et exempt de pathogènes. L’œuf et les produits d’œufs sont consommés crus (e.g mayonnaise…) et sont encore une source importante de salmonellose. La coquille calcifiée des oiseaux constitue un système de protection naturelle efficace de l’œuf pour protéger l’embryon et maintenir l’œuf exempt de microbes. Ce projet vise à caractériser par des méthodes à haut-débits les différents acteurs moléculaires impliqués dans le processus de fabrication de la coquille. Les approches conduites dans IMPACT hiérarchiseront des candidats fonctionnels clefs qui pourront être utilisés en sélection assistée par marqueurs pour améliorer la solidité des coquilles et par conséquent la sécurité alimentaire de ce produit de grande consommation. A côté de son implication dans les sciences de l’aliment, le projet IMPACT permet de mieux comprendre les mécanismes de calcification en milieu biologique et est par conséquent un modèle d’étude de fabrication des biomatériaux d’intérêt pour l’industrie des céramiques, puisque les biominéraux sont des céramiques naturelles formées à température ambiante et pression normale. Ce projet fournira donc des informations générales en relation avec des applications industrielles dans ces domaines



  • BLUE ENZYMES Découverte de nouvelles enzymes pour la valorisation de la biomasse algale

    Découverte de nouvelles enzymes pour la valorisation de la biomasse algale
    Les macroalgues représentent une énorme biomasse principalement constituées de polysaccharides qui diffèrent de ceux des plantes. En dépit de propriétés prometteuses, des produits à haute valeur ajoutée basés sur les poly- et oligo-saccharides d’algues restent rares. Le principal goulot d’étranglement pour le développement d’une bioéconomie bleue est le manque d’enzymes clivant ou modifiant spécifiquement les polysaccharides d’algues, permettant ainsi de contrôler leurs propriétés biologiques.

    Le challenge de la découverte d’enzymes pour la biotechnologie bleue
    Les enzymes commerciales proviennent essentiellement d’organismes terrestres qui dégradent la biomasse des plantes et sont donc inefficaces ou inactives sur la biomasse des algues. Bien que des enzymes spécifiques aient été découvertes ces dernières années (principalement grâce aux efforts de notre équipe), les voies de dégradation des polysaccharides d’algues restent largement inconnues. Les sources les plus pertinentes d’enzymes spécifiques sont les bactéries marines qui se nourrissent des macroalgues et donc qui effectuent naturellement le « cracking » de la biomasse algale. Parmi ces microorganismes, les flavobactéries marines sont reconnues comme les acteurs clé du recyclage des algues. Dans le contexte de l’émergence des biotechnologies bleues, le projet BLUE ENZYMES vise à découvrir de nouvelles enzymes de flavobactéries marines impliquées dans la bioconversion des polysaccharides d’algues.



  • ActiSurTT Dispositifs actifs pour la sécurité des véhicules en environnement tout terrain

    Réalisation de dispositifs actifs pour la sécurité des véhicules en environnements tout-terrain
    Ces dispositifs actifs doivent être capables :
    . de s'adapter à la diversité des situations de travail rencontrées
    . d'anticiper les risques de pertes de contrôle du véhicule pour permettre des actions correctives
    . de prendre en compte et d’interagir avec le comportement du conducteur
    . de proposer des solutions «bas-coût« compatibles avec les marchés visés

    Développer des systémes d'assistance à l'opérateur dédiés aux véhicules tout-terrain, à même de prevenir les risques d'accidents.
    Les machines utilisées dans le cadre des travaux «hors routes« (engins agricoles et forestiers, engins de TP,…) sont appelées à évoluer à des vitesses de plus en plus importantes sur des terrains pouvant être très accidentés. Les conditions d’adhérence des machines au sol peuvent également s'avérer très changeantes au cours de la journée (sols secs, sols humides) de même que la variation de la masse et du centre de gravité (ex. trémies ou bennes embarquées qui se vident ou se remplissent...). Tous ces facteurs entraînent une augmentation des risques de pertes de contrôle des véhicules. Le développement de dispositifs d'assistance constitue donc un enjeu important, encore peu exploré dans le domaine des véhicules tout-terrain.
    Si le projet vise en priorité le cas des véhicules agricoles (particulièrement les automoteurs), les solutions développées du fait de leur caractère générique ont capacité a être généralisées à d'autres engins évoluant «hors route«.
    Bien que l'automobile propose aujourd'hui de nombreux dispositifs actifs d'aide à la conduite et de sécurité, de telles innovations ne sont pas directement applicables au cas des véhicules évoluant en milieux naturels. En effet, la diversité de situations rencontrées, la variabilité des conditions de sols sont quelques uns des éléments qui rendent peu efficientes l'utilisation directe de dispositifs d'aide tels que l'ABS ou l'ESP par exemple. Par ailleurs les situations génératrices d'accidents (pertes de stabilité majoritairement) diffèrent substantiellement de celles rencontrées dans les véhicules routiers (pertes de trajectoires).
    Prévus sur une durée de 36 mois, les travaux de recherche scientifiques et techniques proposées par ce projet sont testés en vraie grandeur par l'intermédiaire d'un démonstrateur. Le véhicule retenu comme démonstrateur est un automoteur de la récolte de vendange particulièrement exposé aux risques d'accident.



  • PARP-3 Caractérisation de la PARP-3 dans la stabilité du génome et la plasticité épithéliale.

    Caractérisation de PARP-3 dans l’intégrité du génome et la plasticité épithéliale
    Nos travaux visent à déterminer l'implication de PARP-3 dans le maintien de l'intégrité du génome et établir les mécanismes moléculaires mis en jeu.

    PARP-3 pourrait-elle être une nouvelle cible en thérapie du cancer ?
    La poly(ADP-ribosyl)ation est un mécanisme de régulation de l'activité des protéines directement impliqué dans la surveillance et le maintien de l'intégrité du génome. Cette réaction enzymatique a été découverte par Pierre Chambon dans le laboratoire Strasbourgeois de Paul Mandel il y a presque 50 ans. Très rapidement, l'intérêt thérapeutique d'inhiber cette activité s'est révélé prometteur, pour potentialiser l'effet cytotoxique ou antiprolifératif de drogues antitumorales ciblant l'ADN, en chimiothérapie ou en radiothérapie. Les Poly(ADP-Ribose) Polymérases (PARPs), enzymes qui synthétisent le Poly(ADP-ribose), forment une famille de 17 membres, dont plusieurs on été identifiés au laboratoire. Jusqu'à présent, seules deux PARPs ont été montrées comme directement impliquées dans la surveillance de l'intégrité du génome et la réparation de l'ADN: PARP-1 et PARP-2. En combinant des études biochimiques, structurales et génétiques, par le développement de souris mutantes notre laboratoire a grandement contribué à la compréhension de la fonction de PARP-1 et PARP-2 dans ces processus, ce qui a favorisé le développement d'inhibiteurs chimiques de ces enzymes et de voies stratégiques pour leur utilisation en thérapeutique. De nombreux laboratoires et sociétés pharmaceutiques sont maintenant engagés dans le développement de ces inhibiteurs de PARP pour augmenter la cytotoxicité des chimio- ou radiothérapies et en monothérapie pour cibler des cancers (sein, ovaires, prostate) portant une mutation BRCA1 ou BRCA2 (essais cliniques de phase I-III en cours). Notre laboratoire étudie depuis peu d'autres membres encore peu caractérisés dont PARP-3. Nos objectifs sont de décortiquer l’implication de cette protéine dans la surveillance de l'intégrité du génome, la prolifération cellulaire ou encore dans la plasticité cellulaire



  • SOREMA Politiques de développement et inégalités de santé : modes de recompositions sociales et environnementales dans la lutte contre le paludisme et la résistance au traitement dans la péninsule indochinoise

    Evolution du paludisme à l’aune des changements socio-économiques et écologiques
    Deux phénomènes concomitants induisent une réorganisation des politiques de santé dans la région du sous Mékong (Cambodge et frontières avec le Viêt Nam et le Laos) : la persistance du paludisme et de ses formes sévères ; ainsi que l’émergence de résistances au traitement. Deux priorités sont à concilier: réduire les inégalités vis-à-vis de l’infection et perpétuer l’efficacité du traitement.

    Les politiques de lutte contre le paludisme entre priorités nationales et enjeux internationaux
    Dans un contexte national où le paludisme est loin d’être le problème de santé prioritaire, on observe toutefois une attention « globale » de ce qui se passe eu égard à la succession d’émergences des résistances dans cette partie du globe. L’enjeu consistant à éradiquer le paludisme s’étend au-delà des frontières car les dynamiques « locales » propres à l’émergence de la résistance aux médicaments concernent le monde entier, Afrique y compris. Les quatre grands objectifs du projet consistent à :
    - identifier les mécanismes générateurs d’inégalités sociale et sanitaires à travers l’évolution du paludisme et la diffusion de la résistance.
    - montrer les réaménagements écologiques associés aux déplacements humains, qui reconfigurent les dynamiques endémiques de l’infection et conduisent à une recrudescence de l’infection et de la résistance aux médicaments.
    - réaliser une mise en perspective historique du paludisme qui permettra de comprendre dans quels cadres, et dans quelles directions, évoluent les nouvelles politiques de santé.
    - analyser les interrelations entre stratégies internationales, politiques nationales, interventions locales et savoirs intégrés. Celles-ci sont en voie de reformulation à une époque où le risque de diffusion de résistance prédomine sur la scène mondiale.
    L’originalité du projet réside dans une approche interdisciplinaire intégrée. La synthèse des savoirs des treize chercheurs (en anthropologie, sociologie, géographie, histoire, entomologie, santé publique, parasitologie, épidémiologie, biologie) permettra de proposer une analyse articulée et cohérents précisant les liens entre mouvements de population, bouleversements géo-écologiques, variables épidémiologiques et entomologiques, et inégalités de santé.



  • SynchroKin Mise en place d'une technique expérimentale pour la mesure de données cinétiques et mécanistiques utilisant la radiation synchrotron SOLEIL

    SynchroKin
    Couplage d'une technique expérimentale pour la mesure de données cinétiques et mécanistiques au synchrotron SOLEIL

    Mieux comprendre la chimie en phase gaz
    Les réactions en phase gazeuse représentent une part importante des processus de combustion et des processus atmosphériques terrestres et extraterrestres. Leurs modélisations nécessitent une bonne compréhension des mécanismes et des paramètres cinétiques impliqués dans les très nombreuses réactions mises en jeu au sein de ces systèmes.
    Dans l’atmosphère, les mécanismes d’oxydation des composées organique volatiles (COV) influences la qualité de l’air et a donc un impact sur la santé. A l’échelle globale, l’oxydation de ces COV influence la capacité oxydante des atmosphères et a un rôle sur le climat. En effet, d’un côté cette oxydation influence la durée de vie des gaz à effet de serre (comme le méthane), et de l’autre coté elle joue un rôle dans la formation de l’ozone troposphérique et la formation d’aérosol organique secondaire. En combustion, le mécanisme l’oxydation des carburants influence l’efficacité du processus, mais aussi la formation de polluants, et est ainsi lié à la chimie atmosphérique. Tous ces processus dépendent souvent fortement de la température et de la pression. Une compréhension détaillée des constantes de vitesse et des rendements de différentes voies réactionnelles est donc essentiel pour comprendre et modéliser ces processus, et ainsi prédire leur comportement dans d’autre applications ou conditions.
    L’objectif du projet SynchroKin est donc la mise en œuvre d’une nouvelle technique expérimentale, unique au monde, qui permettra d’étudier des systèmes réactionnels dans une large gamme de température et pression dans des détails inconnus jusqu’à maintenant. A la fin de ce projet une technique expérimentale sera disponible pour la communauté nationale et internationale qui va contribuer pendant des longes années à améliorer la compréhension des processus fondamental en chimie atmosphérique et en combustion.



  • Psy-sheep Stress prénatal chez les ovins : modification de la sensibilité émotionnelle et des fonctions cognitives et effet curatif des émotions positives

    Effets d’un stress prénatal sur le développement psychobiologique des agneaux
    Etude des effets d’un stress intervenant au cours de la gestation des brebis sur le comportement maternel des brebis et la sensibilité émotionnelle et les fonctions cognitives des agneaux, et de la possibilité de contrecarrer les effets délétères du stress prénatal par un enrichissement des conditions d’élevage après sevrage.

    Impact d’un stress prénatal chez le mouton et effet curatif des émotions positives
    Les objectifs du projet PsySheep sont :
    1. d'étudier les effets d’un stress intervenant au cours de la gestation i) sur le comportement maternel des brebis, et ii) sur la sensibilité émotionnelle, les fonctions cognitives et le développement cérébral des agneaux,
    2. d’analyser la modulation de la sévérité de ces effets selon la réactivité émotionnelle des brebis,
    3. d’explorer la possibilité de contrecarrer les effets du stress prénatal sur la progéniture par l'enrichissement des conditions d’élevage.
    Ce projet permettra d’élargir nos connaissances sur les effets du stress prénatal sur le comportement maternel des brebis, la réactivité émotionnelle et les fonctions cognitives des jeunes. Les résultats pourront nous aider à proposer des solutions pratiques pour promouvoir des émotions positives comme moyen de contrecarrer les effets délétères d’un stress prénatal.



  • MEMOSTRESS Stabilité et potentiel adaptatif des variations épigénétiques induites par les stress

    Stabilité et potentiel adaptatif des variations épigénétiques induites par les stress
    Les changements d’état de la chromatine jouent un rôle clé dans la régulation de l’activité du génome des eucaryotes et sont parfois transmis au travers des générations indépendamment de toute mutation de l'ADN. MEMOSTRESS vise à déterminer l'impact de stress environnementaux sur l'apparition et la stabilité de ces « épimutations » chez la plante de référence Arabidopsis ainsi qu’à développer des modèles d'adaptabilité dynamique intégrant cette composante encore inexplorée de l’hérédité.

    Stabilité et potentiel adaptatif des variations épigénétiques induites par des stress environnementaux
    Jusqu’à récemment, les mutations de la séquence de l’ADN étaient considérées comme la seule source possible de variation phénotypique héritable. Ainsi donc, la sélection ne pouvait être envisagée qu’entre individus présentant des génotypes distincts. Cependant, cette vision de la génétique est depuis peu mise à mal par l’observation que les changements d’états de la chromatine, dont nous savons dorénavant qu’ils jouent un rôle primordial dans la régulation de l’expression génique chez les eucaryotes, peuvent être « verouillés » puis transmis sur plusieurs générations sans que la séquence du génome soit changée d’aucune façon. Cet héritage, dit épigénétique, est particulièrement bien documenté chez les plantes et semble impliquer le plus souvent un gain ou une perte de la méthylation des cytosines des éléments transposables et d’autres séquences répétées. Néanmoins, il n’existe à ce jour que peu d’études systématiques visant à déterminer expérimentalement la prévalence, la stabilité et les conséquences phénotypiques des variations épigénétiques induites par l’environnement et à tester leur impact tant en écologie que pour l’évolution, qui pourrait différer de celui des mutations, étant potentiellement plus fréquentes mais aussi moins stables. Nous proposons ici une telle étude, en combinant de manière unique un ensemble de ressources et d’expertise en épigénomique, phénotypage et modélisation.



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